Поводом к аресту послужило проживание в обители монахини Вероники (см.: Меркулова Вера Антоновна (в монашестве Вероника, в схиме Михаила)), освободившейся из тюрьмы и попросившей у игуменьи приюта. Монахиню Веронику обвиняли в «агитации среди верующих к свержению Соввласти», а игуменьи было предъявлено обвинение «как пособнице Меркуловой, содействовавшей выполнению преступлений Меркуловой сокрытием её и дачи ей возможности вести в Алексеевском монастыре контрреволюционную деятельность». Обвинение было следствием не доказано, игуменью Марию освободили. 19 августа 1924 г. руководители швейной фабрики и завода имени Георгия Максимилиановича Маленкова обратились в Моссовет с просьбой выселить монахинь из келий в административном порядке в 14-дневный срок. В списках, приложенных к прошению, были указаны 136 сестёр. Небольшая группа монахинь поселилась в Марьиной роще на частных квартирах, сёстры посещали храм иконы Божьей Матери «Нечаянная Радость» на Шереметьевской ул. Некоторые монахини жили в Черкизове, неподалёку от церкви Введения во храм Пресвятой Богородицы, пели на клиросе, некоторые переселились в Клин и окрестные деревни. В 1924 г. духовенство и прихожане монастыря подали в Моссовет заявления о регистрации религиозных обществ при Всехсвятской и Алексиевской церквах. 6 декабря 1924 г. в Моссовете было рассмотрено ходатайство Сокольнического районного совета о предоставлении под культурно-просветительные цели «помещения Алексеевской церкви и церкви Всех Святых в Алексеевском монастыре». В начале декабря 1924 г. церковь Всех святых была закрыта, 13 декабря того же года опечатана. Президиум ВЦИК отклонил просьбу верующих о пересмотре постановления Моссовета о закрытии церкви, и в январе 1925 г. она была «ликвидирована». Иконостас и другие предметы культа были отданы третьей фабрике Госкино. В первой половине 1929 г. проводилась «ликвидация» монастырского кладбища, разрушались и вывозились на продажу мраморные памятники. Родственникам было запрещено переносить прах похороненных на нём близких. Часть сестёр (двадцать монахинь) оставались на территории монастыря до 1931 г., в том числе и игуменья Мария (Преженцова). Инокини посещали ещё не закрытую монастырскую Крестовоздвиженскую церковь, настоятелем которой служил протоиерей Симеон Ковганкин. Накануне Рождества Христова 1931 г. остававшихся на территории монастыря сестёр арестовали. Вместе с ними были арестованы и монахини, проживавшие в других частях Москвы (всего 32 человек). Сёстры обвинялись по ст. 58-10 УК РСФСР и были приговорены к трёхгодичной ссылке в Казахстан или на Север. В первой половине 1930 гг. были арестованы и сосланы и другие насельницы, проживавшие в деревнях. В 1937–1938 гг. многие сёстры были арестованы и сосланы вторично; расстреляны сёстры Анна (Макандина) и Матрона (Макандина), Татиана (Белова) и Васса (Леонова). В 2000 г. архиерейским юбилейным Собором РПЦ в сонме Российских мучеников и исповедников прославлена послушница Анна (Макандина), 21 августа 2007 г. на заседании Синода канонизирована её сестра, послушница Матрона (Макандина), 6 октября 2006 г. причислена к лику новомучеников и исповедников Российских послушница Евфросиния (Тимофеева).