26 августа 1839 г., на первом официальном праздновании Бородинской годовщины, при совершении чина освящения Бородинского памятника император Николай I Павлович оценил труды бородинской настоятельницы: «Мы поставили памятник чугунный, а вы предупредили нас, поставив бессмертный христианский памятник». 28 июня 1840 г. в Троице-Сергиевой лавре у раки преподобного Сергия Радонежского митрополитом Филаретом (Дроздовым) инокиня Мелания была пострижена в мантию с именем Мария, на следующий день возведена (по чину рукоположения в диакониссы) в сан игуменьи Бородинского монастыря. Летом 1841 г. Мария совершила паломническую поездку в Воронеж, к мощам Митрофана Воронежского, и в Киево-Печерскую лавру. По рекомендации митрополита Филарета (Дроздова) в 1847 г. Бородинский монастырь посетил архимандрит Игнатий (Брянчанинов), который оставил «Воспоминания». «Маргарита прежде всех пришла на кладбище войска русского, чтоб плакать над могилой храброго супруга; принесла туда и прах сына, – отмечал он. – Она дала себе обет печали пожизненной, надела на себя чёрные одежды с тем, чтоб не снимать их никогда… Бог близок к скорбящим, близок к ним свет Его, близко утешение Его. Маргариту озарило небесное просвещение: она произносит обет иночества, облекается в таинственный образ, принимает новое имя – и уже Мария плачет у Гроба Иисусова… По праву, Мария, ты держишь в руках твоих жезл настоятельства на поле Бородинском». Практически весь архитектурный ансамбль Бородинского монастыря сложился при жизни Марии. Последние семь лет она занималась подготовкой строительства большого собора, освящённого в 1859 г. в честь Владимирской иконы Божьей Матери. В марте 1852 г., предчувствуя скорую кончину, Мария посетила Троице-Сергиеву лавру и простилась с наместником архимандритом Антонием (Медведевым). Мария была погребена в склепе Спасского храма, рядом с сыном. После закрытия монастыря в 1929 г. и обращения его в коммуну убранство храмов было разорено. В 1992 г. монашеская община была возрождена. В 1994 г. создана экспозиция «Дом-музей игумении Марии». Панихидная память Марии совершается 12 мая, сёстры Бородинской обители собирают материалы для прославления игуменьи в лике святых. Первое известное прижизненное изображение Марии – живописный портрет работы неизвестного художника первой половины XIX в. (Исторический музей). Мария изображена по пояс, в лёгком повороте фигуры и головы влево; в монашеском облачении, на голове клобук, на груди наперсный крест. Левая рука с чётками покоится на балюстраде со стоящей на ней беломраморной вазой (или урной), обвитой плющом. Кисть правой руки лежит поверх левой. Фоном являются тёмные и густые ветви старой ели. Исследователи полагают, что портрет мог быть написан с натуры в 1840 гг. Из Спасо-Бородинского монастыря происходит сохранённый одной из насельниц после закрытия обители живописный портрет Марии, который был написан на рубеже XIX и XX вв. неизвестным художником (Музей-заповедник «Бородинское поле», с 1994 г.  – в экспозиции «Дом-музей игумении Марии»).