Сдача Мальты привела Мальтийский орден к серьёзному кризису. Около 50 рыцарей последовали за Наполеоном в Египет. Великий магистр Гомпеш с 12 рыцарями и двумя сержантами прибыл в Триест под защиту императора Франца II (1792–1806 гг., император Австрии в 1804–1835 гг.). Другая группа рыцарей из российского приората собралась в Санкт-Петербурге и 7 ноября 1798 г. объявила Гомпеша низложенным, провозгласив российского императора Павла I великим магистром Мальтийского ордена. Православный женатый монарх в принципе не мог стать главой католического духовно-рыцарского Ордена, однако Павел I согласился взять на себя эти обязанности. Исследователи полагают, что император руководствовался, скорее, романтическими представлениями о рыцарстве и желанием возглавить древний славный Орден, нежели серьёзным политическим расчётом. Это вызвало противоречивую реакцию в сохранившихся провинциях Ордена. Приораты России и Германии признали избрание Павла I, в то время как приораты Испании, Богемии и Баварии отказались сделать это. Под давлением Павла I и Франца II и после неудачной попытки договориться с англичанами о возвращении Мальты Ордену Гомпеш согласился уйти в отставку и в июле 1799 г. отправил в Россию важнейшие реликвии Мальтийского ордена: частицу Честного и Животворящего Древа Креста Господня, Филермскую икону Божьей Матери и десницу святого Иоанна Крестителя. В Санкт-Петербурге собрались 249 рыцарей Мальтийского ордена, что превратило столицу Российской империи также и в новую столицу Ордена. В сентября 1800 г. англичане захватили Мальту, и император Павел I начал переговоры о возвращении острова Ордену. В марте 1801 г. Павел I был убит. Новый император Александр I (1801–1825 гг.) не проявил интереса к должности великого магистра Мальтийского ордена. В 1810–1811 гг. он распустил приорат России и конфисковал его собственность. После смерти великого магистра Джованни Батисты Томмази (1803–1805 гг.) в Ордене вплоть до 1879 г. не избирали новых магистров, утверждая лишь временных заместителей-лейтенантов. При Томмази центр Ордена находился на Сицилии, затем в 1827 г. переместился в Феррару и только в 1834 г. обрёл постоянную штаб-квартиру в Риме, где под его ответственность снова был передан госпиталь. Мальтийский орден окончательно отказался от военных функций и сконцентрировался на медицинской и благотворительной деятельности, которой занимается до настоящего времени. В 1879 г. папа Римский Лев XIII (1878–1903 гг.) утвердил лейтенанта Джованни Батиста Чески а Санта Кроче (1879–1905 гг.) в качестве нового великого магистра Мальтийского ордена. В 1962 г. Мальтийский орден вернулся к практике созыва генерального капитула для избрания руководителей братства, называемого ныне Суверенным военным орденом госпитальеров святого Иоанна Иерусалимского, на Родосе и Мальте. Итальянская Республика признаёт существование Мальтийского ордена на своей территории в качестве суверенного государства и экстерриториальность его резиденции в Риме (Мальтийский (Магистерский) дворец по адресу Виа-деи-Кондотти, 68, и Магистерская вилла на Авентине). С 1998 г. (договор ратифицирован в 2001 г.) Орден владеет фортом Святого ангела (Сант-Анджело), также имеющим экстерриториальный статус в течение 99 лет с момента заключения договора с правительством Республики Мальта. Таким образом, Мальтийский орден формально имеет территорию, над которой осуществляет собственную юрисдикцию, но вопрос о фактическом статусе этой территории (собственная территория Мальтийского ордена или территория дипломатического представительства, временно переданная под его нужды) является предметом дискуссий.