В последней трети XIII – XV вв. Мария Михайловна почиталась местно как представительница правящей в Ростове династии, а также как основатель и ктитор ростовского Княгинина женского монастыря. В конце февраля 1279 г. рядом с Марией Михайловной по благословению епископа Игнатия и при одобрении правителя Ростова князя Дмитрия Борисовича были перезахоронены из ростовского Успенского собора князь Глеб Василькович и его жена княгиня Феодора, за что Ростовский архиерей на время был отлучён от службы по приказу Киевского митрополита Кирилла II. В начале XIV в. и до 1408 г. ордынцы неоднократно грабили княжеские гробницы в Ростове и его пригородах, захоронения также страдали от пожаров. Многие артефакты, связанные с Марией Михайловной, в это время были утрачены. До начала XV в. Спасский монастырь стал мужским (в это время его настоятелем был преподобный Григорий Пельшемский). После переезда в конце XV в. бывших правителей Ростовского княжества в Москву память Марии Михайловны была почти забыта. По крайней мере, в созданном около 1479 г. Житии святого Петра, царевича Ордынского, нет упоминаний о Марии Михайловне, хотя со святым Петром она, несомненно, должна была быть знакома. Начало каменного строительства в Княгинином Спасо-Песковском монастыре исследователи относят, согласно записи, сохранившейся в его соборе, к 1603 г. В конце XVII в. пятиглавый Спасский собор был перестроен. В 1764 г. Княгинин Спасо-Песковский монастырь упразднили, в 1765 г. его собор приписали к ростовскому Спасо-Иаковлевскому Димитриеву мужскому монастырю. Спасский собор стал местом захоронения монахов. В 1850 г. настоятель Спасо-Иаковлевского монастыря (1847–1867 гг.) Поликарп (Тугаринов; ум. 18 ноября 1868 г.) под полом Спасо-Песковского собора обнаружил гробницу некоей ростовской княгини. Его рассказ вскоре породил «слух об удивительной сохранности одеяния усопшей, в частности, жёлтых сафьяновых сапожках». В 1879 г. преемник Поликарпа архимандрит Иларион «произвёл перестройку храма, уничтожил надгробные плиты и сделал мозаичный пол, лишь запомнив место погребения княгини, со временем забытое». В конце 1930 гг., по воспоминаниям жителя Ростова С.Е. Богословского, «в городе вновь заговорили об обнаружении захоронения Марии, и будто бы по-прежнему в прекрасном состоянии оставались сафьяновые сапожки». По мнению Е.В. Плешанова, «весьма странным кажется то, что княгиня-основательница Спасо-Песоцкого монастыря оказалась погребённой в светском наряде. Но несомненно одно: эти рассказы отразили былое почтительное отношение ростовцев к жене князя Василька». Отождествление найденного тела княгини с останками Марии Михайловны затруднено, светская одежда погребённой свидетельствует против её тождества с Марией Михайловной. Скорее всего, как полагают исследователи, в похороненной в Спасо-Преображенском соборе следует видеть либо её невестку княгиню Феодору, либо одну из многочисленных княгинь, живших и скончавшихся в Ростове между 1297 г., когда умерла княгиня Мария Ярославна, и концом XV в., когда семьи ростовских князей постепенно начали терять связь с малой родиной. В Спасо-Иаковлевской обители по запискам прихожан служится панихида по Марии Михайловне.