В 1238 г. новый Владимирский великий князь Ярослав (Феодор) Всеволодович закрепил за ними права на Ростовское княжество, включавшее помимо Ростова города Белоозеро, Гледен и Устюг. Поскольку княжичи были ещё малолетними, то опеку над ними осуществляли Мария Михайловна, великий князь Ярослав Всеволодович, Угличский князь Владимир (Димитрий) Константинович и епископ Кирилл II. В 1244 и 1246 гг. вместе с ближайшими родственниками князь Борис Василькович посещал Орду, где получил от царевича Батыя ярлык на Ростовское княжение. Исследователи полагают, что в 1240 гг. Мария Михайловна ещё поддерживала связи с Черниговом. Осенью 1246 г. её старший сын сопровождал в Орду своего деда Черниговского великого князя Михаила Всеволодовича, где стал свидетелем его мученической кончины. В 1248 г. с целью укрепить связи с Киевским и Новгородским великим князем Александром Ярославичем Невским и его младшим братом Владимирским великим князем Андреем Ярославичем Мария Михайловна женила своего сына Ростовского князя Бориса Васильковича на княжне Марии (начало 1230 гг. – 1297 г.), дочери Муромского князя Ярослава Юрьевича (ум. после 1248 г.). По матери невестка Марии Михайловны была двоюродной сестрой детей великого князя Ярослава Всеволодовича от второго брака. Венчание молодых состоялось в ростовском Успенском соборе. В 1249 г. в Орду к царевичу Сартаку, наследнику Батыя, был отправлен младший сын Марии Михайловны – Глеб Василькович, который оттуда проследовал в Монголию. В 1251 г. он вернулся на Русь с ярлыком на Белозерское княжение. Евгений Викторович Плешанов необоснованно, по мнению исследователей, приписывает Марии Михайловне участие в заключении брака между Владимирским великим князем Андреем Ярославичем и дочерью Галицкого великого князя Даниила Романовича, не принимая в расчёт их близкое родство по женской линии. Придерживаясь ордынской политики великого князя Александра Ярославича Невского, Мария Михайловна добилась того, что в мае 1252 г. владения её семьи не были разграблены ратью монгольского нойона Неврюя, внука Бурундая, с войсками которого на реке Сить 4 марта 1238 г. сражался её покойный муж. Исследователи связывают с Марией Михайловной включение в ростовскую летопись рассказа о мученической смерти её мужа от рук захватчиков («Полное собрание русских летописей», том 1, выпуск 2); это повествование вошло в так называемый свод княгини Марьи. Мария Михайловна была инициатором местного почитания в Ростове памяти своего отца и его боярина Феодора, принявшего вместе с ним смерть в Орде. По мнению исследователей, по поручению Марии Михайловны была составлена одна из ранних редакций Жития великого князя Михаила Всеволодовича. Об этом свидетельствуют тексты некоторых списков Пространной редакции древнерусского Пролога под 20 сентября. В древнейшем тексте этого Жития, известного исследователям по спискам со второй половины XIV – первой четверти (начала) XV вв., отмечается, что «вложи Бог в сердце благочестивым правоверным князем внукома его Борису и Глебу, и матери их Марьи» создать церковь во имя святого благоверного великого князя мученика Михаила Всеволодовича и установить день его памяти 20 сентября.