Осенью 1258 г. вместе с епископом Кириллом II Мария Михайловна встретила в Ростове вернувшегося из Орды своего старшего сына князя Бориса Васильковича, а также младшего – князя Глеба Васильковича и его молодую жену, бывшую знатную монголку, наречённую в 1257 г. Феодорой (ум. 20 декабря 1273 г.). По этому случаю в Успенском соборе было проведено торжественное богослужение. В 1259 г. вся ростовская княжеская семья во главе с Марией Михайловной принимала в Ростове возвращавшегося из Новгорода Владимирского великого князя Александра Ярославича Невского, который заезжал к ним помолиться в Успенском соборе у мощей Леонтия Ростовского и принять благословение у епископа Кирилла II. Мария Михайловна и её дети «чтиша Олександра с великою любовью», а он в ответ «въздасть им честь и дары многи» («Полное собрание русских летописей», том 1, выпуск 2). Почти полное отсутствие упоминаний о Марии Михайловне в источниках между 1259 и 1269 гг. косвенно свидетельствует в пользу того, что в те годы она могла прекратить политическую опеку над своими детьми и уйти для пострижения в основанную ею (по примеру княжны Евфросинии Полоцкой или великой княгини Марии Шварновны) вблизи города обитель. К югу в 1 км от Ростова на западном берегу озера Неро на средства Марии Михайловны был построен ростовский Княгинин в честь Преображения Господня женский монастырь. В 1269 г. вместе с Ростовским епископом Игнатием и своим сыном князем Глебом Васильковичем Мария Михайловна присутствовала при пострижении «в черньци и в скиму» Юрьевского князя Димитрия Святославича, сына Владимирского великого князя, Суздальского и Юрьевского князя Святослава (Гавриила) Всеволодовича. Умиравший был военно-политическим союзником Александра Невского; исследователи полагают, что Мария Михайловна и её сын князь Глеб Василькович стали его душеприказчиками (князь Димитрий был похоронен в Юрьеве-Польском во имя архангела Михаила мужском монастыре). Мария Михайловна скончалась в ростовском Княгинином монастыре в праздник Зачатия праведной Анной Пресвятой Богородицы (см. ст. Иоаким и Анна), когда во всём городе шла литургия. При её кончине присутствовали Ростовский князь Борис Василькович, его жена княгиня Мария Ярославна и внуки Марии Михайловны – князья Дмитрий и Константин Борисовичи («Полное собрание русских летописей», том 1, выпуск 3). Белозерский князь Глеб Василькович в это время был в Орде. «Благовернаа христолюбивая княгыня Васильковая», как отмечал летописец, «предасть душу тихо и нетрудно и безмятежно». Прощаться с Марией Михайловной пришли жители Ростова, епископ Игнатий, настоятели обителей, всё чёрное и белое духовенство. Они «певшее над нею обычныа песни, и погребоша ю у святого Спаса, в своем еи манастыри с многими слезами». Имя Марии Михайловны было внесено в синодики ростовских соборов и монастырей. Согласно синодику ростовского Успенского собора 1642 г., здесь читалась «Бл(а)говерному кн(я)зю Василию Константиновичю Ростовьскому оубиеному от окаяннаго Батыя за веру хр(и)стианскую и княгине его Марие вечная память» (Российская государственная библиотека).