В те же годы в Л.А. Муратори сблизился с католическим проповедником иезуитом Паоло Сеньери, сотрудничал с ним в делах благотворительности, народного просвещения и воспитания нравов католического духовенства. В 1716 г. Л.А. Муратори стал настоятелем церкви Санта-Мария-делла-Помпоза. Религиозная жизнь общины глубоко занимала Лудовико Муратори, он уделял ей много внимания наряду с ежедневными научными занятиями. При нём в храме были проведены реставрационные работы; при церкви создано Общество помощи нуждающимся Модены. Лудовико Муратори издал ряд сочинений религиозно-нравственного содержания, среди них – «О пределах умствований в вопросах религии» («De ingeniorum moderatione in religionis negotio». 1714 г.). Идея написать первую всеобщую историю Италии подсказали Лудовико Муратори его друзья, в частности, венецианский поэт Апостоло Дзено (1668–1750 гг.). Этот итоговый труд Лудовико Муратори, озаглавленный им «Анналы Италии от начала нашей эры до 1500 г.» («Annali d'Italia dal principio dell'era volgare sino all'anno 1500», 1744–1749 гг., 12 томов; тома 10–12 посвящены событиям 1501–1749 гг.), представляет собой, по мнению исследователей, обзор событий итальянской истории по годам с V по XVIII вв. Предшествовавшая «Анналам...» грандиозная работа по сбору материалов (1723–1743 гг.) имеет большое значение, по мнению исследователей, для мировой науки. Лудовико Муратори способствовал развитию учения об исторической критике. Свои научно-исторические принципы он резюмировал в следующих положениях: историк должен говорить только истину, т.е. несомненно достоверное, говорить новое, а излагая факты, выяснить причинную связь между ними и дать оценку их значения в общем ходе исторического развития. Примером реализации обозначенных принципов стало подготовленное Лудовико Антонио Муратори 38-томное собрание текстов нарративного, документального, эпиграфического характера, касавшихся древней и средневековой истории Италии, в том числе истории церкви, вышедшее в трёх сериях: «Историки Италии» («Rerum italicarum scriptores». 1723–1751 гг.), «Итальянские средневековые древности» («Antiquitates italicae medii aevi». 1738–1742 гг.) и «Новое собрание древних надписей» («Novus thesaurus veterum inscriptionum». 1739–1742 гг.). Лудовико Муратори также составил научные комментарии к опубликованным документам. Эти труды принесли ему всемирную известность; в конце XIX в. в Италии Лудовико Муратори называли «отцом отечественной истории» («gran padre della storia italiana»).