В преддверии войны за «испанское наследство» (1701–1714 гг.) умение разбираться в хронологии и подлинности документов, которые впоследствии могли быть использованы при выдвижении территориальных претензий, оказалось весьма полезно. Вместе с двумя помощниками Лудовико Муратори приступил к упорядочиванию герцогского архива и вскоре завершил эту работу. С 1 августа 1703 г. по 7 февраля 1707 г. Модена была оккупирована войсками французского короля Людовика XIV; реорганизованный Л.А. Муратори архив подлежал отправке в Париж. В эти годы, когда доступ к историческим документам оказался для Лудовико Муратори практически закрыт, он обратился к проблемам итальянской культуры, и, прежде всего, изящной словесности на национальном языке. Вышли в свет его труды «Первые наброски итальянской литературной республики» («I primi disegni della repubblica letteraria d'Italia». 1703 г.), «О совершенстве итальянской поэзии» («Della perfetta poesia italiana». 1706 г.), «Соображения о хорошем вкусе в науках и искусствах» («Riflessioni sopra il buon gusto intorno le scienze e le arti». 1708 г.). В своих работах о литературе и искусстве Лудовико Муратори, опираясь на литературное наследие итальянского Ренессанса, заложил основы итальянского классицизма эпохи Просвещения и резко осудил противоречащее «хорошему вкусу» искусство барокко. Лудовико Муратори приписывал литературе утилитарную функцию; считал её не только школой морали, но и фактором социального преобразования и сплочения Италии. Лудовико Муратори обращал внимание на чистоту «национального духа» и одновременно указывал на известные «слабости Италии», прежде всего, раздробленность, призывая литераторов и учёных работать не для мирской славы, а для общего блага. В феврале 1707 г. в Модене была восстановлена власть герцога д'Эсте. Для Лудовико Муратори это означало возможность продолжить разыскания в области средневековой истории. По заданию герцога он собирал документы, способные пролить свет на давний спор дома д'Эсте с Папским престолом о праве владения городами Комаккьо и Феррарой. Однако изданные Лудовико Муратори в те годы исследования «Полное изложение прав императоров и герцогов моденских на г. Комаккьо» («Piena espozicione de i diritti imperiali ed estensi sopra la città di Comacchio». 1712 г.) и «О древней истории герцогов д'Эсте и Италии» («Delle antichità estensi ed Italiane». 1717–1740 гг.) оказались важными для истории светской власти Римских пап в целом. Так, исследователи отмечают, что трактат «О древней истории...» представляет собой подборку документов из архива моденских герцогов, но имеет своим предметом гораздо более обширную тему – противостояние Папского престола с правителями Священной Римской империи, итог которого был представлен Лудовико Муратори в выгодном для императоров свете.