После того как Жак Поль Минь отказался передать своё предприятие во владение Парижскому диоцезу, архиепископ запретил ему совершать богослужения в Париже. Жак Поль Минь ездил служить мессу за пределы Парижского архиепископства, в Версаль (по сообщениям некоторых биографов, ежедневно). Запрет на служение снял в ноябре 1847 г. Парижский архиепископ Дени-Огюст Аффр (1840–1848 гг.). Деятельность Жака Поля Миня периодически привлекала внимание полицейских властей, в частности, в связи с тем, что он, стремясь экономить на заработной плате, брал на работу лиц с сомнительным прошлым или находившихся под запретом священнослужителей. По мнению некоторых исследователей, Жак Поль Минь произвёл настоящую революцию во французском издательском деле и книготорговле XIX в. Он использовал новаторские методы рекламы и распространения книг (гибкую ценовую политику, систему скидок для подписчиков, вносивших предоплату, различные варианты доставки и др.). В издательстве Жака Поля Миня применялись технические новинки (в частности, паровые печатные станки, обеспечивавшие бо́льшую производительность труда по сравнению с ручными). «Католические мастерские» помимо типографии включали библиотеку, книжный магазин, переплётный и литейный цеха, художественные мастерские, складские помещения, а также капеллу. Увеличилось число наёмных работников: с 300 человек в 1842 г. до 596 человек в 1854 г., ещё около 600 штатных сотрудников работали удалённо. Всё это соответствовало масштабам крупных промышленных предприятий во Франции того времени. Помимо книжной продукции Жак Поль Минь торговал произведениями искусства на религиозные сюжеты, церковной утварью, занимался финансовыми операциями, а также за определённое вознаграждение находил священников, готовых совершать мессы в тех диоцезах, где был недостаток духовенства. В некоторых случаях, по мнению исследователей, Жак Поль Минь расплачивался с этими священниками не деньгами, а продукцией своего издательства. Его деятельность благодаря максимальной экономии (в том числе на заработной плате сотрудникам) была чрезвычайно прибыльной. При этом сам Жак Поль Минь до своей кончины вёл очень скромный, почти аскетический образ жизни. В ночь на 13 февраля 1868 г. «Католические мастерские» были почти полностью уничтожены пожаром. Общий ущерб оценивался в 6 млн. франков; после длительных судебных тяжб Жак Поль Минь смог получить от страховых компаний лишь чуть больше половины этой суммы. Остались нереализованными новые проекты по изданию полного свода постановлений Соборов, призванного дополнить труд Джованни Доменико Манси, а также историко-географического обозрения всех католических диоцезов (предполагаемое название – «Orbis Сhristianus»). После Франко-прусской войны 1870–1871 гг. Жак Поль Минь попытался восстановить своё предприятие, возобновив производство и продажу предметов церковного обихода. Однако в 1874 г. Парижский архиепископ Жозеф-Ипполит Гибер (1871–1886 гг.) за организацию незаконной «биржи» по продаже церковных месс запретил Жака Поля Миня в служении. Здоровье Жака Поля Миня сильно пошатнулось, и 24 октября 1875 г. он скончался. В 1876 г. наследники Жака Поля Миня продали всё, что осталось от его предприятия, парижскому издательству «Братья Гарнье». Как продолжение «Полного свода патрологии» Жака Поля Миня парижское издательство «Firmin-Didot» с 1904 г. начало издавать корпус сочинений восточных (сирийских, коптских, арабских, эфиопских, армянских, грузинских, славянских и др.) христианских авторов под общим заглавием «Восточная патрология» («Patrologia Orientalis»; c 1970 г. публикуется издательством «Brepols» в городе Тюрнхаут в Бельгии).