Разрешение на публикацию (см. «Imprimatur») дал папа Римский Бенедикт XIV (1740–1758 гг.), проект поддержал и один из покровителей Джованни Доменико Манси – кардинал Джоаккино Безоцци. Однако после того как в 1758 г. были изданы первые два тома, новый папа Климент XIII и главный папский теолог (магистр священного Апостольского дворца) доминиканец Джужепеппе Агостино Орси (1692–1761 гг.) осудили «Энциклопедию» (в сентябре 1758 г. включена в «Индекс запрещённых книг»). Папа Климент XIII через главу Ордена леонардинов Ф. Сартески запретил Джованни Доменико Манси дальнейшее участие в луккском издании «Энциклопедии». Несмотря на это, как установили исследователи, Джованни Доменико Манси анонимно продолжал работать над примечаниями, по меньшей мере, до пятого тома включительно. Исследователи полагают, что Джованни Доменико Манси написал «Эвлогий Монтескьё», опубликованный в качестве предисловия к пятому тому. В конце 1750 – 1760 гг. Джованни Доменико Манси подготовил дополнения к сочинениям по моральной теологии А. Райффенштюля и католического святого Альфонсо Марии де Лигуори. После смерти в декабре 1761 г. Луккского архиепископа Джузеппе Пальмы власти Лукки в соответствии с привилегией, полученной от папы Бенедикта XIV (26 мая 1754 г.), предложили трёх кандидатов, в том числе и Джованни Доменико Манси. Папа Климент XIII выбрал кандидатуру Б. Торре (двоюродного брата Джованни Доменико Манси), приора коллегиальной церкви Сан-Пьетро-Маджоре, однако разногласия по финансовым вопросам между властями республики и Папским престолом задержали его официальное избрание; в марте 1763 г. Б. Торре скончался. Джованни Доменико Манси вновь стал одним из кандидатов, и на этот раз папа утвердил его кандидатуру (9 апреля 1764 г.). Епископское рукоположение Джованни Доменико Манси состоялось 24 апреля 1764 г. в соборе святого Петра в городе Фраскати (близ Рима). Вскоре после избрания Джованни Доменико Манси оказался участником споров о принятом властями Лукки 7 сентября 1764 г. законе, ограничивавшем феодальный обычай «мёртвой руки» («manomorta»), на котором, в частности, было основано представление о невозможности отчуждения церковного имущества (см. ст. Имущество церковное). Этот закон вызвал протесты Папского престола. Джованни Доменико Манси, ещё около 1742 г. написавший небольшой трактат против особого статуса церковных бенефициев, поддержал закон и добился его вступления в силу. В 1764–1765 гг. Джованни Доменико Манси совершил визитацию своего архидиоцеза, посетив практически все сельские приходы. В 1766 г. простил недоимки беднякам, не имевшим средств для выплаты церковных повинностей. После перенесённого в 1767 г. апоплексического удара Джованни Доменико Манси был не в состоянии осуществлять управление диоцезом. Похоронен в кафедральном соборе Лукки. Значительное число сочинений Джованни Доменико Манси не было опубликовано при его жизни и хранилось в архиве капитула леонардинов в Лукке, в том числе написанная в 1762 г. стихотворная автобиография на латинском языке (издано в 1984 г.).