Вместе с тем работа Джованни Доменико Манси содержала, по мнению исследователей, и значительное число ошибок: он допускал искажения при цитировании текстов, несистематически подходил к отбору материалов из источников, часто сокращал их, опуская важную информацию. «Дополнения...» получили известность в научной среде, и вскоре Джованни Доменико Манси начал работу над более обширным собранием материалов о церковных Соборах. В 1751 г. по приглашению своего друга Дж. Б. Д. Сардини, посла Луккской республики при дворе императора Священной Римской империи, Джованни Доменико Манси отправился в Вену. По дороге он на некоторое время остановился в Венеции, где договорился о будущей публикации с книгоиздателем Антонио Дзаттой. В Вене Джованни Доменико Манси провёл больше трёх месяцев (с 14 июня по 23 сентября), работая с рукописями в императорской библиотеке и общаясь с местными учными. В 1756 г. Джованни Доменико Манси посетил Рим, где изучал рукописи в Ватиканской библиотеке, а также Неаполь и монастырь Монте-Кассино. Впоследствии он ещё несколько раз ездил в Рим, пользуясь содействием кардинала-библиотекаря Доменико Сильвио Пассионеи (1682–1761 гг.). Джованни Доменико Манси находился в Риме во время конклава, который закончился избранием на Римскую кафедру папы Климента XIII (май–июль 1758 г.). Существует предположение, что Климент XIII познакомился с Джованни Доменико Манси и даже намеревался возвести его в достоинство кардинала, но документальные свидетельства об этом отсутствуют. Собирая материалы для своего масштабного труда, Джованни Доменико Манси посетил Геную, Флоренцию, Милан, Турин и другие итальянские города. Эти поездки финансировал Антонио Дзатта, проявивший большую заинтересованность в проекте. В 1759 г. во Флоренции был опубликован первый том «Нового и полнейшего собрания решений Соборов» («Sacrorum Conciliorum nova et amplissima collectio»). Издание, составившее в итоге 31 том, продолжалось до 1798 г. При жизни Джованни Доменико Манси вышло 14 томов (начиная с 14-го тома публиковались в Венеции), доведённых до времени Ферраро-Флорентийского собора (1438–1439 гг.). Джованни Доменико Манси изначально был лишь главой коллектива учёных, после его смерти они продолжили работу, которую координировал Антонио Дзатта. Хотя по качеству текстов «Новое и полнейшее собрание…» уступало даже некоторым более ранним сборникам постановлений Соборов (прежде всего, изданию Жана Ардуэна), широчайший, хотя и далеко не исчерпывающий, охват материала обеспечил ему популярность вплоть до настоящего времени. Параллельно с работой над материалами по истории Соборов с 1756 г. Джованни Доменико Манси занялся подготовкой примечаний к новому изданию «Энциклопедии» Дени Дидро и Жана Лерона д'Аламбера (выходила в Париже с 1751 г.), предпринятому луккским книгоиздателем Оттавиано Диодати. В задачу Джованни Доменико Манси входило, прежде всего, исправление возможных исторических ошибок, а также отклонений от католического вероучения.