В 1725–1738 гг. перевёл на латынь работы по библеистике французского бенедиктинца Антуана Кальме (в том числе «Историко-критический, хронологический, географический и литературный словарь к Библии», «Комментарий на все книги Ветхого и Нового Завета» и толкования на отдельные книги Священного Писания). С 1738 по 1759 гг. Джованни Доменико Манси совместно с историком Доменико Джорджи (1690–1747 гг.) работал над новым изданием «Церковных анналов» кардинала Цезаря Барония, дополненным примечаниями, подробными комментариями и индексами. Джованни Доменико Манси также подготовил новые издания ряда других сочинений: сатиры немецкого ученого Иоганна Буркхардта Менке (1674–1732 гг.) «О шарлатанстве эрудитов», трактата французского ораторианца Луи Томассена (1619–1695 гг.) «Древняя и новая церковная дисциплина в отношении бенефициев», девятитомной «Церковной истории Ветхого и Нового Завета» французского доминиканца Ноэля (Наталиса) Александра (1639–1724 гг.), шеститомной «Средневековой латинской библиотеки» немецкого эрудита Иоганна Альберта Фабрициуса (1668–1736 гг.), трёхтомного собрания сочинений папы Римского Пия II (до избрания на Папский престол – Энеа Сильвио Пикколомини). Джованни Доменико Манси принадлежит также ряд исследований и публикаций по истории Лукки (материалы по истории Лукки, полученные от Джованни Доменико Манси, впоследствии использовал Лудовико Антонио Муратори). Работа над новым изданием «Церковных анналов» привлекла внимание Джованни Доменико Манси к истории Соборов в христианской церкви. Важнейшим сочинением Джованни Доменико Манси в этот период был трактат, посвящённый датировке Сардикийского собора (в нём Джованни Доменико Манси поддержал датировку Собора 344 г.). В 1747–1749 гг. это вызвало бурную научную полемику с доминиканцем Томмазо Мария Мамаки (1713–1792 гг.), который отстаивал другую дату – 347 г. Одновременно Джованни Доменико Манси начал работу над дополнениями к наиболее полному на тот момент собранию постановлений Соборов, опубликованному Никола Колети (1680–1765 гг.) на основе более ранних сборников Филиппа Лаббе (1607–1667 гг.) и Г. Коссара, а также Этьена Балюза (1630–1718 гг.) и Жана Ардуэна (1646–1729 гг.). Подготовленные Джованни Доменико Манси «Дополнения...» включали комментарии исторических сочинений, а также значительное число новых текстов, основанных частично на неопубликованном рукописном материале (главным образом, из библиотеки капитула леонардинов в Лукке), частично – на уже изданных трудах: Джона Уилкинза (1614–1672 гг.), К. Петерфи, мавристов Э. Мартена и Ю. Дюрана и др. «Дополнения...» Джованни Доменико Манси включают 320 посланий Римских пап, полные или частичные постановления около 200 Соборов и сведения о ещё почти 380 Соборах (без текстов постановлений).