Центральным объектом критики Армана Жана Ле Бутийе де Рансе были бенедиктинцы и особенно мавристы. Несмотря на обращение бенедиктинцев к решениям Тридентского собора о необходимости и благотворности научных занятий, Арман Жан Ле Бутийе де Рансе настаивал на малой значимости наук в сравнении с любовью и со служением Богу. В «Трактате о монашеских учёных занятиях» («Traité des études monastiques», 1691 г.) Жан Мабильон последовательно изложил свою позицию. В первой части трактата, соглашаясь с Арманом Жаном Ле Бутийе де Рансе в вопросе об основных целях монашеского служения, он на примерах из жизни и творений отцов церкви доказал, что в ряде случаев учёные занятия могут служить этим целям. Во второй части Жан Мабильон рассмотрел, какие науки могут изучать монахи: богословие, право, священную и светскую историю, словесность, древние рукописи и, соответственно, дипломатику (при этом занятия нумизматикой рекомендовал оставить мирянам). В третьей части обсуждались трудности, которые могут возникнуть у монаха во время учёных занятий. Книга получила большую популярность, выдержала много изданий, была переведена на несколько языков. Однако дискуссия на этом не завершилась: вскоре Арман Жан Ле Бутийе де Рансе опубликовал возражения против этого трактата, на которые Жан Мабильон ответил в 1692 г., вновь опираясь на знание патристики. Долгий спор закончился (во многом под давлением церковных властей) примирением Жана Мабильона и Армана Жана Ле Бутийе де Рансе при личной встрече в мае 1693 г. Жан Мабильон оставил сочинения и по другим вопросам монашеской жизни, прямо не связанным с его основными историческими занятиями. Так, в одном из трактатов осуждается неоправданная жестокость режима монастырских тюрем. Кроме того, Жану Мабильону принадлежит ряд работ, посвящённых богословским вопросам: о хлебе, используемом при евхаристии (1674 г.), о подражании Христу в момент смерти (1702 г.) и др. Жана Мабильона привлекали в качестве эксперта при оценке содержания современных книг. Так, в 1686 г., во время пребывания в Риме, он составил для Конгрегации «Индекса запрещённых книг» отчёт о трактате Исаака Восса «Об истинном возрасте мира» («De vera aetate mundi», 1659 г.). Голландский автор настаивал на том, что потоп не был всемирным. Жан Мабильон, опираясь на утверждения Августина Блаженного и католического святого Фомы Аквинского, показал возможность небуквального прочтения Священного Писания, а следовательно, допустимость труда Исаака Восса. Несмотря на экспертное заключение Жана Мабильона, книга Исаака Восса была включена в «Индекс запрещённых книг». Важную часть наследия Жана Мабильона составляет его обширная переписка. Частично она погибла во время пожара в 1794 г. До настоящего времени сохранилось больше 1800 писем. Жан Мабильон обсуждал научные и богословские проблемы со многими корреспондентами, среди которых были крупнейшие эрудиты того времени, а затем активно использовал результаты консультаций в своих научных трудах.