В свою очередь, Жан Мабильон отметил первенство Д. ван Папенбрука в применении (хотя и не слишком успешном) текстологических и палеографических методов к средневековым грамотам, впоследствии защищал его и всех болландистов во время их конфликта с кармелитами. Впрочем, полемика болландистов с Жаном Мабильоном продолжилась, что сделало необходимым издание дополнений к трактату с подробным разбором критических замечаний (1704 г.). К историческим работам Жана Мабильона примыкают его исследования в области литургики. Крупнейшим из них исследователи называют историю галликанского обряда (« liturgia gallicana libri III», 1685 г.). В этой работе наряду с подробным изложением галликанского обряда, его сравнением с другими обрядами (в частности, с испано-мосарабским обрядом) были впервые опубликованы фрагменты обнаруженных Жаном Мабильоном древних литургических памятников, в том числе лекционария из монастыря Люксёй. Несколько публикаций источников (тексты Августина Блаженного, Алкуина, Григория I Великого и др.) и небольшие работы, связанные с вопросами палеографии и дипломатики, вошли в собрание «Vetera Analecta» (1685 г.). Многие сочинения Жана Мабильона, посвящённые историческим вопросам, остались не изданными при его жизни, например, трактат «Краткие размышления о некоторых принципах истории» («Brèves réflexions sur quelques règles de l'histoire»), созданный в период дискуссий с А.-Ж. Межем и Ф. Бастидом. В нём подробно описаны работа историка (в частности, её отличие от занятий антиквара) и методы его исследований, отмечена важность дискуссий. Особую группу сочинений, связанных с исторической деятельностью Жана Мабильона, представляют, по мнению исследователей, отчёты о его путешествиях: «Iter Burgundicum» (опубликовано после смерти Жана Мабильона), «Iter Germanicum» (входит в четвёртый том «Vetera Analecta»), а также «Museum Italicum» (опубликовано в двух томах в 1686–1689 гг.). К ним примыкает составленный Тьерри Рюинаром «Iter Lotharingicum» (1696 г.). В этих сочинениях представлены результаты научных путешествий: описаны собрания манускриптов, воспроизведены тексты надписей, полностью опубликованы некоторые документы. Жана Мабильона, деятельность которого получила европейскую известность, неоднократно приглашали в качестве эксперта для проверки подлинности отдельных документов и артефактов. Его внимание особо привлекали неизвестные святые, сведения о которых появлялись обычно после того, как обнаруженные в римских катакомбах останки начинали почитать как святые мощи (часто безосновательно).