Генеральный капитул принял сторону Жана Мабильона; в следующем году с него были сняты все обвинения. Большое значение для развития исторической науки имел спор Жана Мабильона с болландистами, прежде всего, с Даниэлем ван Папенбруком (1628–1714 гг.), одним из составителей «Acta Sanctorum». Болландист подверг сомнению достоверность грамот меровингской и начала каролингской эпох, относившихся, в частности, к бенедиктинским монастырям. Эти выводы он делал на основе анализа текста документов (в частности, инвокаций (invocationes)). В предисловии ко второму апрельскому тому «Acta Sanctorum» (1675 г.) Д. ван Папенбрук отвергал подлинность всех ранних грамот, связанных с аббатством Сен-Дени, что вызвало замешательство среди бенедиктинцев. Жан Мабильон готовил ответ в течение шести лет, скрупулёзно подбирая и анализируя материал (помощь ему оказали коллеги: М. Жермен, Шарль дю Френ Дюканж, Антуан Вион д'Эруваль и др.). В 1681 г. был опубликован трактат «О дипломатике». До конца жизни Жан Мабильон работал над второй редакцией этого сочинения, которая была издана уже после его смерти Тьерри Рюинаром. Трактат был разделён на шесть книг. В первой книге Жан Мабильон излагает основные принципы различения подложных и истинных древних документов: выделяет основные типы грамот по цели их составления, даёт характеристику материалов и почерков. Во второй книге рассматриваются дополнительные детали документов, которые могут быть необходимы для анализа их подлинности: печати, подписи, хронологические записи; именно здесь речь идёт о формулах, встречающихся в ранних документах, и опровергаются гиперкритические доводы Д. ван Папенбрука. В третьей книге затрагиваются вопросы, связанные с подлинностью ряда грамот королей Дагоберта I и Карла Великого, которая была поставлена под сомнение Д. ван Папенбруком. Четвёртая книга (подготовленная М. Жерменом) посвящена описанию королевских дворцов. В пятой книге приводятся примеры почерков, встречающихся в исторических документах (в период от правления Дагоберта I до правления короля Людовика IX Святого). В шестой книге в хронологическом порядке приведены тексты источников, иллюстрирующие изложенные принципы. Работа также содержала многочисленные приложения и указатели. Этот трактат, впервые выделивший дипломатику как самостоятельную дисциплину и содержащий подробное изложение её методов, высоко оценили современники. Одним из первых был Д. ван Папенбрук, который признал свои ошибки.