Для этой серии в 1836 г. Г.Э. Маннинг в соавторстве с Ч. Марриоттом написал 78 трактатов (впоследствии они стали основой для трактата Г.Э. Маннинга «Единство Церкви» («The Unity of the Church», 1842 г.)). В 1837 г. назначен окружным деканом Мидхерста (графство Западный Суссекс) в Чичестерском диоцезе, был одним из инициаторов организации в Чичестере теологического колледжа. На Рождество 1838 г. по настоянию Чичестерского епископа Уильяма Оттера Г.Э. Маннинг вместе с У.Ю. Гладстоном впервые посетил Рим. В декабре 1840 г. новый Чичестерский епископ Филипп Шаттлворт назначил Г.Э. Маннинга архидиаконом Чичестерского диоцеза. Г.Э. Маннинг уделял особое внимание положению рабочих, развитию социально-благотворительной и образовательной деятельности в диоцезе. Широкую известность в Англии получили его проповеди и публичные выступления, где говорилось о необходимости большей независимости Церкви Англии от светских властей. Несмотря на англо-католические взгляды, в этот период Г.Э. Маннинг дистанцировался от Дж. Г. Ньюмена, критически восприняв его «90-й трактат»: на основе анализа англиканского исповедания, изложенного в «Тридцати девяти статьях», доказывалось, что Церковь Англии является более католической, чем протестантской. В то же время их личные отношения оставались достаточно близкими вплоть до перехода Дж. Г. Ньюмена в католицизм в октябре 1845 г., когда Г.Э. Маннинг выразил готовность выступить его оппонентом и по просьбе У.Ю. Гладстона взялся за подготовку критического рассмотрения трактата Дж. Г. Ньюмена «Эссе о развитии христианского вероучения» («An Essay on the Development of Christian Doctrine», 1845 г.). Однако работа над ответом Дж. Г. Ньюмену поколебала уверенность Г.Э. Маннинга в истинности англиканского вероучения. Его сомнения усилились во время десятимесячной поездки на лечение в Европу в 1847 г., в ходе которой он активно интересовался жизнью католической церкви. 11 мая 1848 г. в Риме он получил аудиенцию у папы Римского Пия IX. Переписка Г.Э. Маннинга с родственниками и друзьями в этот период показывает, что он всё больше склонялся к католицизму. В 1850 г. Г.Э. Маннинг издал работу «Апелляционная власть монарха в духовных вопросах» («The Appellate Jurisdiction of the Crown in Matters Spiritual»), где критиковал англиканство за чрезмерную зависимость от светской власти. После издания 29 сентября 1850 г. папой Пием IX буллы «Universalis Ecclesiae» о восстановлении католической иерархии в Англии Г.Э. Маннинг отказался от должности архидиакона Чичестерского диоцеза и 6 апреля 1851 г. перешёл в католицизм. 8 июня 1851 г. Николас Уайзмен, первый католический архиепископ Вестминстерский, рукоположил Г.Э. Маннинга во диакона, 15 июня – во пресвитера. С осени 1851 г. до конца лета 1854 г. Г.Э. Маннинг, в основном, жил в Риме, где учился в Папской богословской академии (см. ст. Академии папские), после окончания которой получил степень доктора теологии. Вернувшись в Лондон, при содействии архиепископа Николаса Уайзмена Г.Э. Маннинг основал конгрегацию облатов святого Карло Борромео (Congregation of the Oblates of St. Charles Borromeo), находившуюся при церкви Пресвятой Девы Марии в лондонском районе Бейсуотер. Члены новой конгрегации занимались, в основном, проповеднической деятельностью в беднейших районах города. За годы работы в конгрегации (1857–1865 гг.) Г.Э. Маннинг сумел обратить в католическую веру несколько сот англичан.