По наблюдениям Руслана Григорьевича Скрынникова, записи за 1571–1572 гг. сделаны каким-то приближённым архиепископа, который сопровождал иерарха в его поездке в Москву весной 1572 г. Текст летописи обрывается описанием событий конца 1572 г., и о деятельности Леонида в последние годы его правления исследователи судят лишь по выходившим из его канцелярии грамотам подчинённому духовенству и служилым людям Софийского дома. Большая часть сохранившихся документов связана с раздачей поместий в софийской вотчине в Обонежской пятине дьякам и софийским детям боярским. Исследователи выделяют грамоту от 13 мая 1574 г. боярину Василию Григорьевичу Фомину с указанием, что ему дано поместье временно, до государева пожалованья. Исследователи полагают, что В.Г. Фомин принадлежал к известной семье митрополичьих бояр и прислан был Иваном IV в Новгород наблюдать за действиями иерарха. Ряд документов характеризует отношения архиепископа с подчинённым ему духовенством. Обвинённое вместе со всем Новгородом в «измене», оно вызвало подозрение царя, поэтому он предоставил присланному им иерарху большую власть. Лишь по тяжёлым уголовным делам духовные лица подлежали юрисдикции светских властей, но и в этом случае в суде должны были участвовать владычные наместники. В грамотах Леонида монастырям и церквам неоднократно говорится об уплате пошлин в пользу кафедры «по книгам», т.е. к этому времени стали проводиться переписи церковных учреждений с их обязанностями по отношению к кафедре. Уже предшественники Леонида ввели практику замены выплат кафедре и кормов десятинникам ежегодным фиксированным денежным оброком. Этой практике следовал и Леонид, подтверждая старые пожалования и выдавая новые, хотя размер такого оброка был повышен. Отмечалась и обязанность давать «подъезд и десятину» в случае поездки архиепископа в Москву. Но были и обители, как, например, старорусский Косинский во имя Никола Чудотворца монастырь, которые Леонид освободил от всех выплат в пользу кафедры. После решений Стоглава духовенство стали освобождать от суда светских лиц (десятильников), подчиняя их церковному суду. Та же тенденция, отмеченная у предшественников Леонида, присутствует и в некоторых грамотах, выданных им. Обязанность десятильников теперь состояла только в доставлении обвиняемых на суд архиепископа, наиболее поздняя грамота Леонида датируется 14 августа 1575 г. В ряде источников сохранились известия об опале и даже о казни Леонида. В «Истории о великом князе Московском» князя Андрея Михайловича Курбского говорится, что после смерти Новгородского архиепископа Пимена поставили «другаго архиепископа в того место, мужа, яко слышахом, нарочита и кротка; но аки по дву летех, и того повелел (Иван IV) убити со двема опаты сиречь игумены велики, або архимандриты». Поскольку Леонид был возведён на кафедру в конце 1571 г., то получается, что А.М. Курбский сообщает о казни Леонида в 1573 г.