Неудивительно, что новый архиерей стал прибегать к разным мерам, чтобы пополнить софийскую казну. Так, сбор пошлин с подчинённого духовенства стал взиматься «по новому окладу». От священников архиерей требовал представления на подпись ставленных грамот, что также должно было сопровождаться уплатой пошлины; устанавливались высокие штрафы за различные проступки. Новгородское духовенство было разорено огромной контрибуцией, наложенной на церкви и монастыри в 1570 г., которую вымогали особые посланники, держа братию и попов месяцами на «правеже». Поэтому такие действия архиерея вызывали враждебную реакцию. В июне 1572 г. произошло столкновение из-за распределения выделенных царём «милостинных денег». Священники жаловались находившемуся в Новгороде царю, и это вызвало гнев архиепископа, который им велел «ризы с себя снимати». Тогда «священницы по всем церквам не хотели служить обедни» («Полное собрание русских летописей», том 30). Не все было благополучно и среди прямых подчинённых архиепископа. Так, 24 июня 1572 г. архиепископ приказал «дьяков своих певъчих поставить на правежи» за то, что «не ходят к началу к церкви». Деятельность архиепископа не ограничивалась сбором доходов и дисциплинарными мерами. Он устраивал крестные ходы, связанные с важными событиями церковной жизни, например, с возвращением в Софийский собор привезённых из Москвы икон Спаса и Петра и Павла. Летописец отмечает, что были отлиты новые колокола для Софийского собора. 2 июля 1572 г. выступил с поучением перед верующими и духовенством в соборе Святой Софии. Ряд летописных известий говорит о почитании в начале 1570 гг. местных Новгородских святых. Так, ещё до поставления Леонида была изготовлена новая рака на гробницу преподобного Саввы Вишерского вместо старой, разбитой опричниками. В июле 1572 г. Леонид посетил обитель, «игумена и братию поил, кормил» («Полное собрание русских летописей», том 30). Одним из первых действий нового архиерея была отправка в феврале 1572 г. двух священников в Боровичи, чтобы провести запись чудес, происходивших у гроба святого Иакова Боровичского. Исцеление слепой женщины у гробницы Новгородского епископа Никиты в Софийском соборе способствовало тому, что его останкам были оказаны почести и царём, и архиепископом. Никите был посвящён храм, который начали строить на Софийском дворе в Москве. 9 октября 1572 г. «весь освященный собор» и Боярская дума приняли приговор: «...В болшие монастыри, где вотчины много, вперед вотчин не давати» («Законодательные акты Русского государства второй половины XVI – первой половины XVII в.»). Основные сведения о деятельности архиерея и событиях церковной жизни в Новгородской епархии в первые годы правления Леонида содержатся в тексте так называемой Новгородской второй летописи, которая велась в Софийском доме во второй половине XVI в.