Основная идея Лондонского исповедания выражена в статье XLVIII: «Гражданские магистраты созданы Богом для наказания злых и поощрения делающих добро и во всех законных вещах, повелеваемых ими; нами должно оказываться подчинение в Господе, и также мы должны возносить мольбы и молитвы за царей и всех властвующих, чтобы мы могли жить мирной и тихой жизнью во всяком благочестии и чистоте». Верующие обязаны соблюдать гражданские законы, платить налоги и исполнять свои обязанности независимо от благорасположения или притеснения властей и «пребывать вместе в христианском общении, ни в чём не приостанавливая нашу практику, и ходить в послушании Христу по своему исповеданию и возвещаемой вере, о которой мы сказали, даже в разгар всех испытаний и скорбей, и не дорожа нашим добром, землёй, жёнами, детьми, отцами, матерями, братьями, сёстрами... и нашей собственной жизнью, чтобы мы могли закончить наше поприще с радостью, помня, что мы всегда должны повиноваться больше Богу, нежели людям». В 1644 г. Дэниел Фитли, участник Вестминстерской ассамблеи и известный «охотник за ересями», внимательно изучил Лондонское исповедание; он написал, что его авторы последовательно доказывают, что они не являются арминианами, «ибо не учат ни свободе воли, ни возможности отпадения от благодати»; что они не пелагиане, т.к. не отвергают первородного греха; не поддерживают многожёнства и общности имущества, как радикальные анабаптисты; не разделяют взглядов адамитов (закрытый характер крещения и собраний рождали подозрения в том, что присутствовавшие на них были в обнажённом виде) и т.д. Но тем не менее, Дэниел Фитли полагал, что из 53 статей только в шести честно представлено их учение, но и эти статьи сформулированы так, что скрывают правду. Он указывал на то, что баптисты в статьях, посвящённых обряду крещения, говорят только о крещении по вере, что они выступают против поддержки церковнослужителей государством, позволяют проповедовать мужчинам, не имеющим духовного сана, и т.д. В ответ на это частные баптисты выпустили в 1646 г. новую редакцию первого Лондонского исповедания, где учли замечания Дэниеля Фитли и постарались, не поступившись своими принципами, свести к минимуму возможные претензии со стороны государства, которые легко могли обернуться гонениями на баптистов. Например, в статье XL, где говорится о крещении, особо упоминается, что «погружение (каков и смысл слова «baptizo») всего тела в воду... совершается служителем над людьми в должной одежде и со всей скромностью». Впоследствии второе издание исповедания использовалось гораздо чаще, чем первое, и поэтому, когда Тайрон Эдвардс опубликовал «Gangraena, или Описание и определение многих заблуждений, ересей, кощунств и пагубных практик сектантов нынешнего времени, произнесённых и произведённых в Англии в последние четыре года» (1646 г.), он не смог обвинить баптистов ни в чём конкретном. На стр. 106 первой части сочинения Тайрон Эдвардс упоминает Лондонское исповедание, но не находит в нём ереси, т.к. всё соответствует учению реформатских церквей; он называет его «мошенническим и порочным», т.к., с его точки зрения, оно явно имеет целью скрыть то, что баптисты думают на самом деле. Первое Лондонское исповедание издавалось также в 1651 и 1652 гг.