Стремясь оправдаться перед обвинениями в католицизме, Уильям Лод опубликовал в феврале 1639 г. тезисы диспута с Фишером, состоявшегося в 1622 г., однако это не улучшило общественное мнение о нём. Кроме того, Уильяма Лода незаслуженно обвиняли в том, что в 1640 г., после роспуска Короткого парламента, конвокация вопреки традиции продолжала заседать и даже утвердила новые каноны, хотя это решение король принял без участия архиепископа. Содержавшееся в канонах требование об упоминании в присяге церковной иерархии вызвало ещё большее неприятие, так что 22 октября 1640 г. в Лондоне было разгромлено здание, где заседал Суд Высокой комиссии – верховный церковный суд королевства, и король приостановил действие канона. Долгий парламент, созванный королём 3 ноября 1640 г. для получения средств на продолжение войн в Шотландии, уже в первые недели работы представил Карлу I петиции «О корне и ветвях» и «Великая ремонстрация», в которых говорилось о неподобающем состоянии дел в королевстве, и значительная часть текста которых была уделена критике положения церкви. Уже 18 декабря 1640 г. палата общин предъявила Уильяму Лоду обвинение в государственной измене, после чего его заключили под домашний арест. 24 февраля 1641 г. парламентарии приняли 14 статей, направленных против Уильяма Лода, вменяя ему в вину не только искажение учения, нарушения в церкви и стремление реставрировать католицизм, но и узурпацию власти, взяточничество, создание препятствий для созыва парламента, влияние на суды и т.д. Два дня спустя он сам предстал перед палатой лордов и ответил на эти статьи, заявив, что всегда действовал в рамках закона, никогда не хотел восстановления католицизма, а новые каноны принимал не сам, но с согласия всей конвокации. Тем не менее, 1 марта его заключили в Тауэр, 28 июня лишили должности канцлера Оксфордского университета. В мае 1643 г. давний противник Уильяма Лода Уильям Принн и другие члены парламента получили распоряжение о поиске доказательств вины в личных бумагах архиепископа, в октябре того же года палата общин приняла дополнительные десять статей обвинения против Уильяма Лода. Собственно судебный процесс начался 12 марта 1644 г. и, невзирая на королевское помилование, подписанное в апреле, закончился 29 июля того же года вынесением смертного приговора. 10 января 1645 г. Уильям Лод был обезглавлен во дворе лондонского Тауэра. Первоначально он был похоронен в лондонской церкви Олл-Халлоуз Баркинг, а 24 июля 1663 г. его останки были перенесены в часовню Сент-Джонс-колледжа в Оксфорде. Уильям Лод остается одним из наиболее противоречивых персонажей английской церковной истории. Оценки его деятельности весьма разнообразны: одни обвиняли Уильяма Лода в тирании и провоцировании революции, другие идеализировали его образ и превозносили роль в формировании «установленной законом» церкви (Established Church), сравнивая Уильяма Лода с Киприаном Карфагенским. День его памяти в Церкви Англии – 10 января.