Политика Уильяма Лода в этой области отличалась жесткостью и бескомпромиссностью, хотя описания его жестокости некоторыми современниками и историками исследователи считают преувеличенными: по возможности Уильям Лод отказывался от карательных мер в отношении тех, кого, с его точки зрения, можно было переубедить. Подобную политику, в частности, такие меры, как фактическое введение целибата для духовенства, необоснованно называли «заигрыванием» с католической церковью. В 1634–1636 гг. в Англии находился папский посол Г. Пандзани, который вёл активные переговоры о воссоединении Церкви Англии с Римом со всеми противниками пуританизма в королевстве. Уильям Лод, отнюдь не являвшийся ярым сторонником догматического единства церкви, настороженно относился к этой идее и к благожелательному приёму эмиссара при дворе. По свидетельству Г. Пандзани, именно из-за влияния архиепископа Кентерберийского Карл I, в конечном счёте, отказался от предполагаемого объединения, при этом миссия всё же способствовала установлению дипломатических отношений между Англией и Римом. Точно так же Уильям Лод возражал и против попыток преемника Г. Пандзани, Дж. Конна, добиться воссоединения Церкви Англии с католической церковью. Тем не менее, пуритане постоянно обвиняли Уильяма Лода в стремлении к реставрации католицизма. Все изменения, а также тот факт, что архиепископ по-прежнему отстаивал арминианскую точку зрения на спасение, привели к усугублению конфликта между ним и его сторонниками, с одной стороны, и кальвинистами – с другой, ставшего одной из причин начала революции. Серьёзные последствия имела попытка введения новых церковных порядков в Шотландии, куда Уильям Лод сопровождал Карла I во время визита в 1633 г. Исследователи полагают, что по его совету король, продолжая политику Якова I по сближению Шотландской и Английской церквей, предписал местному духовенству носить облачения и использовать схожие с принятыми в Англии каноны и новый молитвенник (последний был составлен в 1637 г. и впервые применён во время службы в июле того же года в церкви святого Эгидия в Эдинбурге, что привело к беспорядкам). Хотя недовольство шотландцев политикой Карла I не ограничивалось церковной сферой (а распространялось также, например, на Акт о ревокации 1625 г.), именно это событие стало толчком к масштабным выступлениям. 28 августа 1638 г. в Эдинбурге был подписан Национальный ковенант – манифест, осуждавший попытки ввести изменения в Церковь Шотландии и обязывавший тех, кто его приняли, бороться за истинную религию до последней капли крови. Король направил для переговоров маркиза Джона Гамильтона, однако его усилия, равно как и обещание отменить Пертские статьи, все новации в богослужении и восстановить кальвинистское «Негативное исповедание» 1581 г., не принесли результатов. Собравшаяся в ноябре 1638 г. в Глазго Генеральная ассамблея Церкви Шотландии отменила все нововведения и упразднила епископат, а отказ короля признать эти решения привёл к началу Епископских войн 1639–1640 гг. Хотя Уильям Лод формально не имел отношения к этим событиям, именно он был их виновником в глазах как англичан, так и шотландцев. Шотландское восстание показало бесперспективность попыток архиепископа утвердить единство христиан на основе единства ритуалов.