В местной прессе началась кампания, поддерживавшая Леонтия и дискредитировавшая архиепископа Митрофана (Краснопольского). В ответ на это 29 октября 1918 г. Леонтий в «Известиях Астраханского совета рабочих, крестьянских и ловецких депутатов» опубликовал обращение, в котором призывал сохранять мир и заявлял о своём беспрекословном подчинении высшей церковной власти. 19 января 1919 г. Леонтий организовал в Астрахани крестный ход, не поставив об этом в известность правящего архиерея, и архиепископ Митрофан (Краснопольский) был вынужден жаловаться на него патриарху. 21 мая того же года архиепископ Митрофан (Краснопольский) представил патриарху и Синоду рапорт с объяснениями Леонтия, касавшимися прошедшего крестного хода. В начале 1919 г. Леонтий председательствовал на совещании Союза религиозных общин, где было решено обратиться к православному населению с призывом оказать помощь раненым и больным воинам как бывшей русской армии, так и Красной Армии. Воззвание заканчивалось ссылкой на Евангелие: «Помните слова Христа: “Я был наг, и вы не одели Меня, был болен, и вы не посетили Меня”». Председатель губчека Георгий Александрович Атарбеков решил, что ссылка на Евангелие сделана для подрыва авторитета советской власти. 7 июня 1919 г. по приказу председателя Астраханского временного революционного комитета Сергея Мироновича Кирова Леонтий был арестован и обвинён вместе с архиепископом Митрофаном (Краснопольским) в организации белогвардейского заговора с целью отравить высший командный состав частей Красной Армии цианистым калием. В следственном деле сохранилось два протокола допроса Леонтия. В первом он полностью отрицал своё участие в выступлениях против советской власти, во втором (возможно, сфальсифицированном или подписанном под пыткой) признавался в существовании «контрреволюционной» организации во главе с архиепископом Митрофаном (Краснопольским). Расстрелян в один день с архиепископом Митрофаном (Краснопольским), 6 июля 1919 г. По сохранившемуся в Астрахани преданию, предположительно известному от келейника Леонтия Михаила, Леонтий и архиепископ Митрофан (Краснопольский) примирились перед расстрелом. Тела казнённых были выкуплены верующими. В связи с тем, что в Москве не было сведений о расстреле Леонтия, Синод под председательством патриарха 23 июля в ответ на апрельский рапорт архиепископа Митрофана (Краснопольского) вынес постановление о запрещении Леонтия в служении. На месте захоронения Леонтия, у стен Покрово-Болдинского монастыря, был поставлен памятник из кирпичей, который разрушили в 1930 г. В 1981 г. канонизирован Собором Русской православной церкви за границей. Леонтий почитается верующими Астраханской епархии как подвижник и нестяжатель. В Астраханской епархиальной комиссии по канонизации осуществлялся сбор материалов о Леонтии.