Астраханский и Царёвский епископ Митрофан (Краснопольский; впоследствии архиепископ) ходатайствовал о назначении Леонтия викарием Астраханской епархии. Назначение на Енотаевскую викарную кафедру Астраханской епархии состоялось 5 сентября 1917 г. В период пребывания правящего архиерея на поместном Соборе Православной Российской церкви 1917–1918 гг. Леонтий временно управлял епархией. В 1918 г. между архиепископом Митрофаном (Краснопольским) и Леонтием возникли разногласия по вопросу об организации Союза церковноприходских общин Астраханской епархии. Леонтий поддержал планы создания союза, целями которого были расширение полномочий приходских общин, ограничение власти архиереев, всемерное развитие духовного просвещения и благотворительности. В создании такого объединения приходов Леонтий видел единственную возможность для церкви юридически оформить свои отношения с Советским государством и сохранить духовно-учебные заведения. В устав организации были включены предложения Леонтия о восстановлении церковного образования для детей и взрослых, об организации пастырских курсов, церковнопевческих школ, духовных библиотек и читален, богаделен и многое др. Союз был зарегистрирован советскими властями в марте 1919 г. Причиной разногласий между архиереями было и то, что Леонтий был настроен на сотрудничество с новой властью. 4 сентября 1918 г. он выпустил послание «К православному населению», в котором объявил о своей поддержке большевистского декрета «Об отделении церкви от государства и школы от церкви». Архиепископ Митрофан (Краснопольский), указывая на превышение Леонтием своих полномочий, пожаловался на него патриарху Тихону, после чего Леонтий был вызван в Москву. Местные власти не выдали ему разрешение на выезд. Соборное совещание епископов 26 сентября приняло решение об устранении Леонтия от викариатства с запрещением в священнослужении. По просьбе архиепископа Митрофана (Краснопольского) отставка Леонтия была отсрочена на две недели. 20 октября 1918 г. в астраханском Иоанно-Предтеченском монастыре сторонники Леонтия провели общее собрание «для обсуждения вопроса об отрешении епископа Леонтия от должности». Собрание отправило патриарху Тихону телеграмму, в которой просило проведения на месте дознания по жалобе архиепископа Митрофана (Краснопольского). В Москву были отправлены делегаты для личного ходатайства перед патриархом о разборе дела на месте. Делегации удалось смягчить указ от 26 сентября, и Леонтий не был лишён сана, ему не запрещалось священнослужение, хотя он и был смещён с должности викария с оставлением управляющим Иоанно-Предтеченским монастырём.