Большинство членов комиссии выразили недовольство тем, что проект был составлен в духе римского централизма: взаимосвязь между Римским епископом и остальными епископами выстраивалась как отношение верховной власти, делегирующей её часть правящему епископу диоцеза; Римская курия представлялась как исполнительный орган, реализующий власть Римского епископа, в работу курии невозможно вмешательство со стороны правящих епископов; епископские конференции наделялись возможностью принимать обязательные для их членов решения, но только после их согласования с Папским престолом. Во время второй сессии Собора (29 сентября – 4 декабря 1963 г.) проект «О епископах» рассматривался с 5 по 15 ноября 1963 г., после дискуссий по проекту догматической конституции «О Церкви», где одной из главных проблем оказался вопрос о богословском обосновании коллегиальности епископата. После обзорных докладов кардинала Паоло Мареллы и епископа Луиджа Мария Карли большинство выступавших участников Собора подвергли проект документа критике за чрезмерный юридизм при освещении вопросов взаимоотношений правящих епископов с Римской курией и несоответствие положений о епископских конференциях идее коллегиальности епископата, изложенной в схеме догматической конституции «О Церкви». 6 ноября, во время обсуждения первой главы проекта декрета, содержавшей параграфы об обязанностях епископов по отношению к конгрегациям Римской курии, с яркой речью к Собору обратился Антиохийский патриарх Мелькитской католической церкви Максим IV Сайег. Он призвал к отходу от римского централизма и к радикальной реформе Римской курии, работу которой предлагалось подчинить выборной коллегии епископов, делегированных со всего мира для совместного с Римским папой управления католической церковью. 8 ноября кардинал Йозеф Фрингс, архиепископ Кёльна, выступил с жёсткой критикой работы Римской курии, особенно Верховной конгрегации Sanctum Officium, преемницы Конгрегации инквизиции, что было встречено аплодисментами. Кардинал предложил сократить число епископов на куриальных должностях, чтобы не смешивать священный сан с административной должностью. В ответ секретарь Верховной конгрегации Sanctum Officium кардинал Альфредо Оттавиани выступил с защитой Римской курии как органа, которым руководит непосредственно Римский епископ, и призвал не выстраивать в документе схему отношений между Папским престолом и епископами до тех пор, пока не будет сформулировано доктринальное положение о коллегиальности епископата в догматической конституции «О Церкви». Представители «интегристов» – соборных консерваторов из группы «Coetus Internationalis Patrum» («Международное общество отцов») во главе с архиепископом Марселем Лефевром – также подвергли документ критике за попытку пересмотреть абсолютную полноту власти Римского епископа в католической церкви. Компромиссная точка зрения была озвучена одним из соборных модераторов, кардиналом Джакомо Леркаро, архиепископом Болоньи, который указал на то, что авторы схемы декрета не ставят под сомнение верховную власть Римского епископа, а также на принципиальное согласие папы Павла VI вынести вопрос об участии епископов в управлении церковью на обсуждение Собора.