Ночью отряды восставших с горящими факелами напали на христианские дома во всех частях Пекина, хватали людей и истязали их, заставляя отречься от Христа. Многие в ужасе перед пытками отрекались от православия, чтобы спасти свою жизнь, и воскуряли фимиам перед идолами. Но другие, не страшась мучений, мужественно исповедовали Христа. Им вспарывали животы, отрубали головы и поджигали жилища вместе с людьми. Истребление христиан продолжалось и все последующие дни восстания. Отказавшихся отречься от православия выводили за городские ворота, где их допрашивали и сжигали на кострах. По свидетельству очевидцев, некоторые из православных китайцев мужественно встречали смерть. Православный катехизатор Павел (Ван Вэньхэн) умер после пыток с молитвой на устах. Учительница школы миссии Ия Вэнь была дважды подвергнута пыткам; её полуживую забросали землёй, когда она очнулась, её стоны услышал сторож и перенёс в свою будку; спустя некоторое время её вновь схватили и на этот раз замучили до смерти. Ия Вэнь мужественно исповедовала Христа. По некоторым данным, среди пострадавших за Христа были и албазинцы, потомки тех, кто принесли православие в 1685 г. в Пекин, – Мирон и Мария Жуй, казнённые вместе с восемью детьми, и, как предполагают исследователи, ещё несколько человек. Укрываясь от опасности, многие христиане собрались в доме священника Митрофана (Цзи), в том числе пришли и его недоброжелатели. 10 июня солдаты и ихэтуани окружили жилище священника. В это время там находилось около 70 христиан, в основном, женщины и дети. Священнику нанесли множественные ранения в грудь, от которых он скончался. Соседи отнесли его тело на то место, где находилась богадельня миссии. Позже архимандрит Авраамий (Часовников) позаботился о мощах священномученика. Жена священника Митрофана (Цзи) диаконисса Татиана Ли 10 июня укрылась в доме невесты сына, но на другой день ей и ещё 19 христианам отрубили головы. Старший сын священника Митрофана (Цзи) 23-летний Исаия, который служил в артиллерии, был казнён 7 июня у ворот Пинцзэмэнь. За два дня до погрома его 19-летняя невеста Мария (Шуан) пришла в дом священника Митрофана (Цзи) и погибла вместе с семьёй своего жениха. Сергий, средний сын священника, единственный выживший из семьи Цзи, трижды пытался убедить её скрыться, но она отвечала: «Я родилась около церкви Пресвятой Богородицы, здесь и умру». Младшему из детей священника, Иоанну, было тогда восемь лет. 10 июня ихэтуани нанесли ему множество ранений, отрезали нос и уши. Мария спрятала его в отхожем месте, и израненный мальчик прожил ещё несколько дней. На вопрос, больно ли ему, он ответил, что страдать за Христа не больно. Иоанн попросил у соседей воды, но они отказали ему, опасаясь преследования. Сохранились свидетельства китайцев, которые впоследствии приняли крещение, что мальчик, будучи повторно схвачен ихэтуанями, спокойно шёл к месту казни. Христианские погромы произошли в ночь на 11 июня, т.е. на день памяти апостолов Варфоломея и Варнавы, в связи с чем это событие иногда называют «Варфоломеевской ночью в Пекине». Во время восстания ихэтуаней помимо православных христиан погибло около 30 тыс. католиков и около 2 тыс. протестантов.