Действительной причиной ареста руководителей Киево-Печерской лавры было их сопротивление обновленчеству. Пользуясь сложившейся ситуацией, в декабре 1924 г. обновленцы зарегистрировали на территории лавры свою общину, которой были переданы монастырские храмы. В апреле-мае 1925 г. Климент и другие арестованные с ним насельники лавры были освобождены под подписку о невыезде. 20 августа того же года Климент вместе с архимандритом Макарием (Кармазиным), экклисиархом лавры игуменом Евстратием (Грумбковым) и казначеем архимандритом Анфимом (Еленецким) был снова взят под стражу. В ноябре 1925 г. их освободили, но принудительно направили для дальнейшего проживания в Харьков. 20 февраля 1928 г. распоряжением коллегии ОГПУ СССР следственное дело в отношении Климента было прекращено, подписка о невыезде аннулирована, однако он остался жить в Харькове вместе с архимандритом Макарием (Кармазиным) и игуменом Евстратием (Грумбковым). Климент не принял «Декларацию 1927 г.» заместителя патриаршего местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского; впоследствии патриарх Московский и всея Руси). Климент, архимандрит Макарий (Кармазин) и игумен Евстратий (Грумбков) подписали заявление о выходе из подчинения заместителю патриаршего местоблюстителя и были запрещены митрополитом Сергием (Страгородским) в священнослужении. Больше 30 лаврских монахов поддержали действия Климента, признавая его настоятелем. За богослужением Климент поминал патриаршего местоблюстителя Петра (Полянского), примкнул к движению иосифлянства. С начала 1928 г. находился под омофором руководителя иосифлян Гдовского епископа Димитрия (Любимова), а осенью того же года при посредничестве игумена Клавдия (Савинского) перешёл в подчинение Старобельскому епископу Павлу (Кратирову), управлявшему иосифлянскими приходами на территории Харьковской епархии. В начале 1931 г. епископ Павел (Кратиров) и большинство иосифлянского клира на Украине были арестованы, Климент избежал ареста. По воспоминаниям, «когда батюшку пришли арестовывать, то у него из-за давней болезни пошла горлом кровь, он был болен туберкулёзом. Увидев это, чекисты махнули на него рукой, мол сам помрёт, и ушли». В дальнейшем пребывал на нелегальном положении. По данным следственного дела иеромонаха Мартирия (Слободенко; ум. в 1937 г.), в 1930 гг. Климент поддерживал отношения с лаврской братией. Иеромонах Мартирий (Слободенко) сообщил на допросе: «Мне известно, что с Жеретиенко наиболее тесно связаны иеромонах Деркач Феогний и Фурс Амфилохий, которые бывают у него довольно часто. Об этом они мне сами рассказывали. В близких отношениях с Жеретиенко был также иеромонах Тертий, высланный в 1933 г. из Киева. Через него велась переписка с Жеретиенко. В 1936 г. Тертий возвратился из ссылки и поселился в Черкассах, где получил паспорт. Возвратившись из ссылки, он наезжал к Жеретиенко, о чём мне сам рассказывал при встрече в Киеве в августе 1936 г.» (Центральный государственный архив гражданских объединений Украины). В начале 1940 гг. Климент принял схиму с именем Антоний. В 1942 г., в период немецкой оккупации Украины, приехал в Киев, претендуя на должность наместника Киево-Печерской лавры, однако братия отказалась избрать его руководителем. Климент поселился в Мышеловке (в черте Киева), где окормлял общину, организованную иеромонахом Мартирием (Слободенко), служил в храме, открытом в здании школы. По некоторым данным, в это время Климент объявлял себя подчиняющимся Берлинскому митрополиту РПЦЗ Серафиму (Ляде). Осенью 1943 г. Климент вернулся в Харьков, жил у своих духовных детей. В послевоенные годы престарелый схиархимандрит Климент жил с келейницей схимницей Михаилой в Харькове, в маленьком доме у художника Михаила Григорьевича Пономаренко. Здесь его тайно посещали верующие. Скончался в глубокой старости. Заочное отпевание совершил киевский священник Владимир Веселовский. Похоронен на Залютинском кладбище в Харькове, могила не сохранилась.