В апреле 1919 г. это решение было одобрено Духовным Собором. Однако советские власти потребовали перерегистрировать общину, удалив из неё монашествующих. После окончания гражданской войны Киево-Печерская лавра находилась в тяжёлом положении. На территории обители был размещён инвалидный городок, постоянно сокращалось число насельников. 8 июня 1921 г. Собор епископов Украины утвердил Климента в должности наместника лавры. Пользуясь доброжелательным отношением патриаршего экзарха Украины митрополита Михаила (Ермакова), Климент добивался должности настоятеля лавры, имевшего особые, сопоставимые с архиерейскими, привилегии. 8 февраля 1922 г. для благолепия благословлено было наместнику служить с жезлом и сулоком, а к литургии встречать у солеи с пением «Достойно есть», читать молитвы по большому Служебнику и носить мантию с нашивными крестами на скрижалях. 10 февраля было принято решение о вступлении Климента во временное исполнение обязанностей настоятеля монастыря «…ввиду долговременного отсутствия настоятеля Киево-Печерской Лавры, Высокопреосвященнейшего митрополита Антония и переживаемых обителью тяжёлых обстоятельств». После национализации в июле 1922 г. всех монастырских строений Климент занял должность заведующего строениями лавры, выделенными властями в шестой городской район Киева, был членом церковной общины «Киево-Печерская Лавра», созданной из лаврской братии и прихожан. Профессор И.Н. Никодимов дал в воспоминаниях такой портрет Климента: «Высокий старец с лицом аскета, с длинной седой бородой, довольно красивый, если нужно, то и гостеприимный, говорящий тихо, искренним тоном, с постоянно ласковой улыбкой, он вначале буквально очаровал меня, и понадобилось довольно много времени жизни в Лавре, чтобы я понял его другую сторону. Я пришёл к убеждению, что отец Климент не обладал твёрдой волей и быстро поддавался влияниям, увлечениям. Но как монах он любил молитву, пост, богослужения. Жизнь его была полна треволнений и скорбей…». Во время кампании по изъятию церковных ценностей в 1922 г. Климент сотрудничал с властями, что было даже отмечено в газете «Правда», однако часть лаврских ценностей всё же удалось временно скрыть в тайниках. В ночь на 11 апреля 1923 г. Климент был арестован в лаврской братской больнице, где находился на лечении хронического заболевания горла и лёгких. Был помещён в ДОПР (Лукьяновскую тюрьму). В период его заключения на должность временного заместителя наместника лавры был избран архимандрит Макарий (Величко). 30 сентября того же года Климент был освобождён из тюрьмы. 4 августа 1924 г. братия избрала Климента настоятелем, а архимандрита Макария (Величко) – наместником лавры. 16 августа они были утверждены в должности патриархом Тихоном (Беллавиным). Патриарх возвратил Киево-Печерской лавре статус ставропигиального монастыря, что вызвало конфликт с Климентом временно управляющего Киевской епархией Уманского епископа Макария (Кармазина). 25 октября 1924 г. Климент вместе с архимандритом Макарием (Кармазиным) был арестован Киевским губернским отделом ГПУ УССР. В дальнейшем были задержаны ещё 28 монахов лавры, два послушника и четыре члена лаврской общины. Поводом для арестов стали поступившие в ГПУ доносы о сокрытии монастырских ценностей; из тюрьмы Климент передал письменное распоряжение сдать их. ОГПУ были изъяты по акту более 350 сокрытых предметов, в том числе риза с чудотворной иконы Успения Пресвятой Богородицы, 14 панагий, 22 наперсных креста и др.