Главными среди них исследователи называют трактаты «О заболеваниях волос» в 12 главах, «О четырёх телесных соках (гуморах) и о том, из чего они слагаются», «Об уходе за телесным состоянием при путешествии во избавление от болезней и опасностей»; «О распорядке паломнического путешествия», где на основании греческой медицинской науки Куста ибн Лука даёт советы мусульманам, отправляющимся в паломничество в Мекку; «О бдении», где обсуждаются причины бессонницы через пристальное рассмотрение природы сна. Следующей по значимости группой исследователи называют труды по астрономии, прежде всего, «Книгу о действиях с небесным глобусом» в 65 главах, которая пользовалась широкой популярностью, как о том свидетельствуют две арабские, а также древнееврейская, латинская («De sphaera solida» Стефана Арнальда, XIV в.), испанская и итальянская редакции, и «Форму небесных сфер» – одно из самых ранних (860 г.) сохранившихся сочинений по теоретической астрономии. Арифметические, алгебраические и геометрические работы Кусты ибн Луки, по мнению исследователей,  утеряны, как и его труды по естествознанию и атомарной теории, послание о различии между разумными и неразумными животными, введение в логику, разъяснение философии греков, книга о политике. Историческое сочинение Кусты ибн Луки «Книга рая» не дошло до настоящего времени, однако его фрагменты сохранились в трудах позднейших летописцев, прежде всего, в мелькитской хронике Агапия Манбиджского (Х в.) и в несторианской «Хронике Сеерта» (до 1023 г.). Эти заимствования позволяют исследователям заключить, что «Книга рая» представляла собой пространный исторический труд, больше похожий на цепочку рассказов, чем на сухие записи по годам, и охватывала, по меньшей мере, IV–VII вв. (но, вероятнее всего, по мнению исследователей, начиналась от сотворения мира). Поскольку у позднейших летописей утрачены финальные части («Хроника Сеерта» обрывается на 650-м, текст Агапия Манбиджского – на 777-м году), реконструкция структуры и содержания «Книги рая» для исследователей затруднительна. Сохранились сочинения Кусты ибн Луки, связанные с изучением психофизики, где отразились попытки определить взаимодействие формы и материи в человеческом организме. В «Послании Абу Али ибн Бунану о причинах различий между людьми в нравах, поведении, страстях и склонностях» Куста ибн Лука отмечает влияние на разнообразие человеческих типов не только качества (дурного или хорошего) врождённой сущности, но и вступающих в силу позднее особенностей, привносимых происхождением, средой и воспитанием. В послании «Об амулетах» он, отрицая какую-либо их тайную силу, первым во всемирной истории науки признаёт присущий им эффект плацебо. Трактат сохранился лишь в латинском переводе Арнольда из Виллановы («De physicis ligaturis», или «De incantatione») и позднее пробудил оживлённый интерес в средневековой Европе. Гораздо более известна и влиятельна краткая «Книга о различии между духом и душой», базирующаяся на разборе суждений Платона, Аристотеля, Теофраста и Галена. Автор пытается установить соотношение между понятиями «душа» и «дух» посредством чёткого выстраивания терминологии в соответствии с функциональными особенностями. По Кусте ибн Луке, душа – сущность, не имеющая телесного измерения, в то время как дух, скорее, представляет собой «тонкое тело», существующее в организме и связанное с функцией того или иного органа.