Так, исследователям известен мирный договор мамлюкского султана Калауна с Генуей от 14 мая 1290 г., когда клятву генуэзских послов на Евангелии засвидетельствовали представители мелькитской церкви Египта епископ Мисра Пётр, настоятель Кусайра Арсений, диакон Матфей (Матта) и монах Михаил из Синайского монастыря. В 1320 г. монастырь посетил доминиканец Франческо Пипино, который упомянул, что Кусайр заселён православными монахами, а в окрестных пещерах живут яковитские (коптские) пустынники. Исследователям известно, что здесь подвизался и умер коптский писатель аль-Макин Джирджис ибн аль-Амид Младший (ум. после 1398 г.; см. в ст. Макин). В мае-июне 1321 г. Каир стал центром антихристианских беспорядков. Вслед за массовыми погромами церквей, прокатившимися по всему Египту 8 мая, в Каире начались сильные пожары, которые общественное мнение приписало заговору христиан. По обвинению в поджогах были казнены несколько десятков коптских и православных монахов и мирян. Некоторые монахи Кусайра под пытками признались в причастности к пожарам, после чего обитель была разгромлена, а все 14 её насельников сожжены на одной из площадей Каира. По мнению исследователей, Кусайр так и не смог восстановиться после этого трагического события. Угасание монастыря совпало с общим социально-демографическим кризисом ближневосточного христианства в позднее Средневековье. Аль-Макризи упоминал, что в его время в Кусайре оставался только один служитель. В 1559 г. русский паломник и дипломат Василий Позняков описал этот монастырь (называя его монастырём святого Арсения), находившийся, по его словам, в семи верстах от Старого Каира, как полностью заброшенный. Руины Кусайра посещали ряд путешественников начала XVIII в. В настоящее время развалины монастыря находятся в закрытой военной зоне, и их изучение затруднено. Согласно единственному описанию топографии Кусайра (1963 г.), комплекс монастырских зданий, по форме близкий к квадрату, располагался по обе стороны скального гребня, частично разрушенного, поскольку в древности на этом месте была каменоломня. Гребень был пробит туннелем, соединявшим две части обители. Главный вход размещался с северной стороны, здесь же находились цистерны для воды. В южной части исследователи обнаружили остатки жилых строений и церковь с квадратным наосом и опорами утраченного свода. Это совпадает с описанием конструкции церкви святого Саввы у Абу-ль-Макарима. К востоку от огороженного пространства была открыта пещерная церковь с большой апсидой. Южнее монастыря более чем на 1 км протянулись древние каменоломни, вырубленные в скалах полости, бывшие жилищем монахов-отшельников в раннехристианскую эпоху.