Будучи братом жены халифа аль-Азиза (975–996 гг.) из династии Фатимидов, Арсений обладал огромным влиянием и немалыми средствами, позволившими ему обнести стеной и перестроить обитель. Однако в эпоху гонений на христиан халифа аль-Хакима (996–1021 гг.) Кусайр подвергся разграблению и разрушению (25 апреля 1010 г.), патриарх и монахи были изгнаны. Нападавшие разорили монастырское кладбище и выбросили из могил останки тел на съедение псам. Разгром Кусайра стал одним из самых трагических событий в коллективной памяти египетских мелькитов. К концу своего правления аль-Хаким охладел к преследованиям инаковерующих и отменил многие репрессивные меры в отношении христиан. В частности, по ходатайству настоятеля Синайского монастыря Соломона халиф летом 1020 г. разрешил восстановить Кусайр и вернуть туда монахов. В летописи Яхьи Антиохийского приводится полный текст соответствующего указа, где оговаривается и возвращение обители конфискованного у неё недвижимого имущества (вакфов). Перечень собственности Кусайра включает в себя деревни, пашни и другие земельные угодья, портовые сооружения, дома, кайсарии (торговые комплексы), бани, винные лавки, гончарные мастерские, сады, огороды, финиковые рощи в Египте и на всей территории государства. Данный перечень, хотя и представляет собой набор стандартных формулировок, даёт исследователям представление о структуре и масштабах монастырской экономики. Игумен Соломон был назначен распорядителем монастырского имущества. Он организовал восстановление Кусайра и населил его иноками, которые получили содержание за счёт доходов от имений монастыря. После прекращения гонений на христиан и нормализации византийско-фатимидских отношений укрепились связи ближневосточных мелькитов с Константинополем. Это хорошо прослеживается на палестинском материале, но, по мнению исследователей, подобные процессы затронули и Египет. Культ преподобного Арсения Великого получил широкое распространение в Византии, а его мощи были перенесены в константинопольскую церковь Богородицы Перивлепты (основана в 1034 г.) предположительно из Кусайра. В правление фатимидских везиров армянского происхождения, покровительствовавших христианам (последняя треть XI – первая треть XII вв.), Кусайр пережил новый период подъёма. Аль-Ясаль, брат везира-христианина Бахрама (1135–1137 гг.), пожертвовал монастырю 16 федданов земельных угодий. Высокопоставленные христианские чиновники финансировали обновление и строительство храмов на территории обители. Церковь святых Апостолов, восстановленная после разрушения (дата строительства исследователям неизвестна), получила новое наименование – во имя святых апостолов Петра и Павла. Шейх Абу-ль-Баракат Юханна в начале XII в. отстроил церковь святого Саввы.