Шейх Абу-ль-Хакам основал церковь святого Георгия. Монастырь стал местом захоронения христианской знати; там был погребён монах Иоанн, руководивший строительством новых стен Каира в 1087 г. Последние годы правления Фатимидов сопровождались политическими потрясениями и нападениями на церкви со стороны курдских и гузских военных отрядов, которые поддерживало мусульманское население. Относительно труднодоступный Кусайр эти погромы не затронули, но его имения, по мнению исследователей, были захвачены, и экономика подорвана. Согласно известному описанию церквей и монастырей Египта Абу-ль-Макарима (рубеж XII и XIII вв.), по состоянию на 1175 г. в обители в суровых условиях проживали лишь пять монахов. Около 1188 г. в Кусайре поселился со своими сторонниками Марк ибн аль-Кунбар, харизматичный коптский проповедник и религиозный реформатор, перешедший в мелькитское исповедание из-за конфликта с коптскими иерархами. Сочинение Абу-ль-Макарима содержит наиболее детальное описание Кусайра. В этот период на территории монастыря насчитывалось десять церквей: храм с арочной крышей на вершине горы, над могилой преподобного Арсения; расположенная ниже по склону церковь святого Иоанна Крестителя, украшенная фресками, к тому времени уже обветшавшими; церкви Пресвятой Богородицы, святых Петра и Павла (бывшая церковь святых Апостолов), первомученика Стефана, святого Георгия, святого Саввы с куполом над серединой нефа, святого Фомы, святых Космы и Дамиана; небольшая церковь великомученицы Варвары. Павильон Хамаравейха к этому времени уже разрушился. Часть церквей была высечена в скале. В горах, окружающих монастырь, находилось множество пещер, в том числе та, где некогда жил преподобный Арсений, и где сохранилось его каменное изголовье. Обитель располагала своим источником, а также цистернами для сбора дождевой воды. Однако этих запасов братии не хватало, и воду возили из Нила. Монастырский мул, гружённый сосудами с водой, был обучен самостоятельно подниматься от реки в Кусайр и возвращаться обратно к монаху, ждавшему его на берегу, чтобы снова наполнить сосуды. Судя по всему, именно этому обстоятельству монастырь обязан одним из своих названий, под которым он фигурирует в мусульманских источниках (Дейр-эль-Багль). Египетский историк аль-Макризи (XIV–XV вв.) приводит ещё одно наименование Кусайра – Дейр-Хиркаль. В позднее Средневековье резиденция Александрийского патриарха была перенесена из Кусайра в один из монастырей Каира (как полагают исследователи, сразу после разорения Кусайра при аль-Хакиме). Несмотря на это, обитель продолжала играть заметную роль в египетских церковных делах, тем более что Александрийские патриархи в мамлюкскую эпоху десятилетиями жили в Византии и не появлялись в Египте.