1 мая 1576 г. в соборе святых Станислава и Вячеслава (Вацлава) в Вавеле (Краков) Станислав Карнковский провёл церемонию бракосочетания Стефана Батория и Анны Ягеллонки, дочери короля Сигизмунда II Августа, и их коронацию. Станислав Карнковский входил в число ближайших сподвижников нового короля, принимал участие во всех важнейших делах Стефана Батория, часто замещал примаса Польши, если тот действительно или мнимо болел. В 1577 г. Станислав Карнковский председательствовал на Петроковском синоде, где были официально признаны решения Тридентского собора и опротестован акт Варшавской конфедерации, а также обсуждался вопрос о сборе средств для войны с Гданьском. В том же году по поручению папского нунция Винценто Лаурео Станислав Карнковский провёл визитации монастырей в Стшельно, Ченстохове и Лыса-Гуре, причём два последних подчинялись Краковскому епископу. Подготовил к изданию пятый свод церковных законов («Constitutiones synodorum metropolitanae ecclesiae Gnesnensis». Cracoviae, 1579 г.). Когда оказалось, что брак Стефана Батория и Анны Ягеллонки является неудачным, Станислав Карнковский предложил королю рассмотреть вопрос о действительности брака под предлогом невозможности обзавестись потомством, однако тот отказался. В начале 1581 г. Станислав Карнковский получил королевское назначение на должность коадъютора (помощника-преемника) Гнезненского архиепископа Якуба Уханьского. После его смерти (5 апреля 1581 г.) Станислав Карнковский заявил о своих правах на Гнезненскую кафедру. 17 мая 1581 г. король и члены гнезненского капитула отправили в Рим письма, где просили утвердить кандидатуру К. 7 августа 1581 г. папа римский Григорий XIII (1572–1585 гг.) издал буллу о назначении Станислава Карнковского. В окружном послании к католическому духовенству Речи Посполитой Станислав Карнковский писал о своей ответственности перед Богом за положение дел во вверенном ему архиепископстве, о необходимости навести должный порядок и повысить моральный облик польского духовенства. 4 октября 1583 г. Станислав Карнковский созвал синод архиепископства Гнезно, на котором обсуждались вопросы о создании и материальном обеспечении иезуитской коллегии в Калише, о выборах судей от духовенства для королевского трибунала, а также об обязательном проведении регулярных епископских визитаций. Решением синода 1593 г. в архиепископстве стало обязательным ведение священниками метрических книг. На синоде 1602 г. были приняты решения об украшении церквей и об унификации обрядности. Иезуитская коллегия в Калише открылась 30 апреля 1586 г. и включала монастырь, школы святой Магдалины и святого Николая, общежитие для 12 студентов и церковь святых Адальберта (Войтеха) и Станислава, построенную по проекту архитектора Джованни Марии Бернардони (1592–1597 гг.). Открытию коллегии в Калише противодействовало духовенство соседнего Познанского епископства, опасавшееся конкуренции действовавшей в Познани иезуитской коллегии, поэтому регулярный приём учеников в Калише начался с 1593 г. В 1597 г. было принято решение об организации коллегии в Гнезно, однако возникли сложности финансового характера, только на сейме 1603 г. король утвердил создание и материальное обеспечение нового учебного заведения. Предполагалось, что в коллегии будут обучаться 12 воспитанников, все хлопоты по обеспечению учебного процесса ложились на гнезненский капитул, преподавать в коллегии должны были епархиальные священники.