По результатам её деятельности были подготовлены так называемые статуты Карнковского (67 статей), согласно которым флот и порт Гданьска были подчинены польскому королю, права городского совета сокращены. В 1569 г. Станислав Карнковский руководил комиссией, принявшей решение о наказании гданьских мещан за сопротивление представителям королевской администрации, в том числе за преследование местных католиков. Недовольство так называемыми статутами Карнковского стало одной из причин городского восстания в Гданьске против Стефана Батория, избрание которого на польский престол горожане не признали. В ходе восстания жители разорили и сожгли монастырь в Оливе, которым Станислав Карнковский владел как бенефицием. По условиям мирного договора, заключённого 12 декабря 1577 г., горожане должны были восстановить монастырь и выплатить епископу контрибуцию. После смерти Стефана Батория так называемые статуты Карнковского были отменены. Станислав Карнковский пользовался доверием короля Сигизмунда II Августа, а после его смерти был назначен исполнителем королевского завещания. На элекционном сейме в апреле–мае 1573 г. Станислав Карнковский сначала поддерживал кандидатуру австрийского эрцгерцога Эрнста Габсбурга, но затем присоединился к сторонникам Генриха Валуа, герцога Анжуйского (король Польши в 1573–1574 гг., король Франции в 1574–1589 гг.), что повлияло на окончательное решение сейма. В качестве претендента на польский престол рассматривалась также кандидатура царевича Фёдора Ивановича, сына Ивана IV Васильевича Грозного. Главным требованием было католическое вероисповедание монарха, на чём особо настаивал Станислав Карнковский. В письме Генриху Валуа епископ просил будущего короля скорее приехать в страну и обличал намерения польских диссидентов упрочить позиции в Речи Посполитой. Станислав Карнковский одним из первых отказался подписать акт Варшавской генеральной конфедерации (8 января 1573 г.), устанавливавшей религиозный мир в Речи Посполитой, выступал против признания равенства католиков и протестантов в любой форме. Однако в то же время вёл переписку и неоднократно вступал в политические коалиции с представителями протестантского лагеря. Станислав Карнковский присутствовал на коронации Генриха Валуа и затем стал при нём одним из влиятельных государственных деятелей. После бегства Генриха во Францию (19 июня 1574 г.) подозревали, что епископ знал о намерениях короля и не воспрепятствовал им. На следующем элекционном сейме (1575–1576 гг.) Станислав Карнковский, единственный из епископов, поддержал кандидатуру Стефана Батория; примас Польши, Гнезненский архиепископ Якуб Уханьский и сенат настаивали на коронации австрийского эрцгерцога Эрнста Габсбурга. По совету Станислава Карнковского Стефан Баторий официально заявил о своём католическом вероисповедании, положив тем самым конец ходившим слухам о тайной приверженности протестантизму. Сторонникам Стефана Батория удалось одержать на сейме победу, но архиепископ Якуб Уханьский не признал эти выборы законными. В письме примасу Станислав Карнковский сообщал о своей готовности возглавить церемонии бракосочетания и коронации, если примас откажется от своих обязанностей.