Самураи начали отступление, но им стал помехой корейский флот. 16 декабря в битве в заливе Норянг он потопил больше половины кораблей противника, которые возвращались в Японию. Отступающим угрожало полное уничтожение, если бы не суда Кониси Юкинаги и Симадзу Ёсихиро, которые, невзирая на большие потери, смогли во время боя потопить флагманский корабль корейцев. Последние прекратили преследование, и самурайская экспедиционная армия вернулась домой. В 1600 г. вспыхнул конфликт между Токугавой Иэясу и Исидой Мицунари из-за председательства в семье Тоётоми после смерти Хидэёси. Первый возглавил так называемую «Восточную коалицию», в которую входили преимущественно правители Восточной Японии, а второй – «Западную», к которой присоединилось большинство самураев запада страны. Кониси Юкинага вступил в «Западную коалицию» Исиды Мицунари. Иезуитские священники советовали Кониси Юкинаге присоединиться к Токугаве Иэясу, но он отказался. В решающем бою при Сэкигахаре 21 октября 1600 г., Кониси Юкинага командовал 6 тыс. солдат (по другим версиям – 4 тыс.) «Западной коалиции». Его позиции находились слева от сил Укиты Хидэиэ, на передней линии фронта. В восемь часов утра его атаковали четыре отряда армии «Восточной коалиции» под командованием Тэрадзавы Хиротаки (2400), Фуруты Сигэкацу (1200), Канамори Нагатики (1140) и Оды Нагамасу (450). Кониси Юкинага умело отражал все атаки противника, нанося значительные потери наступающим аркебузным огнём. Когда враг собрался бежать, поступило срочное сообщение, что генерал «Западной коалиции» Кобаякава Хидэаки предал её и перешёл на сторону противника. Его силы ударили по левому флангу армии Укиты Хидэиэ, разгромили её и налетели на позиции Кониси Юкинаге. Несмотря на отчаянные попытки противостоять натиску врага с обеих сторон, малочисленное войско Кониси Юкинаги было вскоре уничтожено. Сам Кониси Юкинага отступил с поля боя к горе Ибукияма в провинции Оми. Не желая терпеть горечь поражения, но и не будучи в состоянии совершить сэппуку из-за своих христианских убеждений, он добровольно сдался победителям. 6 ноября 1600 г. в Киото Кониси Юкинаги и Исиде Мицунари отрубили головы. По преданию иезуитов, во время казни он, молясь, держал в руках образы Христа и Девы Марии, которые прислала ему королева Португалии. Хотя Кониси Юкинага относился немного прохладно к христианству после издания указа об изгнании миссионеров из Японии (1588 г.), церковь считает, что он осуществил своё призвание, поскольку именно из-за христианских побуждений отказался наложить на себя руки. 12-летнего старшего сына Кониси Юкинаги также казнили. Исследователи предполагают, что у Кониси Юкинаги был ещё один сын, который спасся от репрессий и поступил на службу к роду Курода, одного из христианских самурайских родов на острове Кюсю. Однако впоследствии, по приказу сёгуната, его выслали из Японии в Макао и убили руками наёмного убийцы. Жену Кониси Юкинаги заточили в монастыре в Нагасаки, где она умерла в 1605 г. Прямая линия рода Кониси была прервана.