В такой ситуации боевой дух самурайских войск падал. Чтобы спасти армию от голода и истребления, Кониси Юкинага в июне 1593 г. начал переговоры с китайским командованием о мирном урегулировании конфликта. Самураи отступили из Сеула до южного побережья Корейского полуострова. В Японию были отправлены китайские посланцы для выработки условий мира. Их принял Исида Мицунари, один из самых талантливых советников Хасибы Хидэёси, который, как и Кониси Юкинага, понимал пагубность продолжения войны. Несмотря на катастрофическое положение самурайских войск в море, японский правитель Тоётоми Хидэёси предъявлял завышенные требования к Китаю и Корее. Его страсти подогревал давний оппонент Кониси Юкинаги, Като Киёмаса, который направил в Японию двух пленных корейских принцев как доказательство «победной войны». Видя, что переговорный процесс может зайти в тупик из-за нежелания Тоётоми Хидэёси воспринимать реальное положение дел в Корее, Кониси Юкинага и Исида Мицунари решили заключить мир тайно, за спиной своего сюзерена. В 1594 г. вассал Кониси Юкинаги, Найто Тадаясу, был отправлен в Пекин для подписания мира. Его заключили на китайских условиях. Японцы должны были немедленно вывести свои войска из Кореи. Как уступку, китайский император давал Тоётоми Хидэёси ярлык вассального «короля Японии». В 1596 г. текст договора и грамота императора Мин прибыли с посольством в Японию. Тоётоми Хидэёси любезно принял их, но когда узнал, что мир подписан вопреки его требованиям, сильно разозлился, выгнал послов и приказал казнить Кониси Юкинагу как ответственного за переговоры. В ответ на «наглые предложения» китайцев Тоётоми Хидэёси приказал возобновить завоевание Кореи. Поскольку способных командиров, которые бы имели ценный боевой опыт и знали Корею, было мало, он помиловал Кониси Юкинагу и назначил его командиром второй авангардной дивизии, «генералом левой армии», всего в 14 700 человек. Новая экспедиция вначале также была удачной. Японцы покорили провинцию Кёсан в мае 1597 г. и построили в ней свои укрепления. Впоследствии они завоевали главный оплот корейских партизан в провинции Чолла, при получении которой особенно отличились самураи Кониси Юкинаги. Однако осенью японцев контратаковали китайско-корейские объединённые силы, которые отодвинули противника до южного побережья полуострова. Самураи были вынуждены перейти к позиционной обороне. Поскольку корейский флот вновь захватил главенство на море, японцы оказались отрезанными от родины. Китайско-корейская армия непрестанно атаковала прибрежные замки, последние укрепления самураев. Кониси Юкинаги удерживал замок Сунчхон и дважды успешно отразил штурмы преобладающего численно врага. 18 сентября 1598 г. умер правитель Японии Тоётоми Хидэёси. Его полномочия взял на себя совет пяти старейшин, который принял решение об эвакуации японских войск из Кореи и прекращении войны.