27 апреля 1689 г., не сумев передать свой труд через Отто Генина, Квирин Кульман сам прибыл в Москву, поселившись в Немецкой слободе под именем Людвига Людовицина, приехавшего якобы для свидания с родственниками. В Немецкой слободе Квирин Кульман познакомился с кружком приверженцев идей Якоба Бёме и сблизился с одним из его руководителей, купцом Кондратием Нордерманном. Однако вскоре взгляды Квирина Кульмана были определены как крамольные пастором московской лютеранской церкви св. Петра И. Майнеке, который обратился с жалобой к Патриарху Московскому и всея Руси Иоакиму (1674–1690 гг.). Посольский приказ арестовал Квирина Кульмана и Кондратия Нордерманна и предъявил им политическое обвинение в посягательстве на государеву честь и в совершении преступлений против христианской веры. Было решено подвергнуть их «крепкому допросу». Несмотря на жестокие пытки, Квирин Кульман не признал своей вины и не отрёкся от своего учения. Его книги были отданы для прочтения и составления отзыва представителям иезуитов, жившим в Москве, а также лютеранским пасторам; и те и другие осудили книги как еретические. Переводчики Посольского приказа Иван Михайлович Тяжкогорский и Юрий Михайлович Гивнер считали, что Квирин Кульман и Кондратий Нордерманн «веру держат той ереси, имянуемой квакери», которые «подобны здешним расколщикам живут своеобычно». «Вор и богоотступник иноземец Квилинко Кулман» был приговорён к смертной казни и вместе с Кондратием Нордерманном 4 октября 1689 г. сожжён в срубе на Красной площади. Также в огонь были брошены привезённые Квирином Кульманом в Москву его труды. Согласно частично сохранившемуся следственному делу Квирина Кульмана, основанием для такой казни, очевидно, стала статья 1 главы 1 Соборного Уложения 1649 г. (о хуле на Бога). Идеи Квирина Кульмана и Якоба Бёме оставались популярными среди мистически настроенных людей в России в последней трети XVIII – первой половине XIX в. Памятный камень о Квирине Кульмане установил в конце XVIII в. в парке усадьбы Савинское видный русский масон того времени Иван Владимирович Лопухин. В дореволюционной историографии Квирина Кульмана характеризовали как «помешанного мистика», «одинокого фанатика», «отчаянного еретика» (Николай Саввич Тихонравов). Советские исследователи называли его «представителем народной утопии в духе еретического средневекового коммунизма» (Александр Ильич Клибанов). Александр Михайлович Панченко рассматривал жизнь и деятельность Квирина Кульмана не только в рамках его теологического проекта, но и как отражение политической программы чешских братьев. Стихотворения Квирина Кульмана на русский язык переводили Дмитрий Владимирович Щедровицкий, Владимир Матвеевич Летучий и др.