Каменная церковь во имя святителя Николая, по результатам современных археологических исследований, была сооружена в середине XV в. на основе, как предполагают исследователи, здания XIV в.; своды и глава переложены, по мнению исследователей, в XVII в. В царской грамоте 1692 г., жалованной новгородскому воеводе Борису Ивановичу Прозоровскому, Косинский монастырь (он ошибочно назван здесь Рождественским) значится приписанным к Новгородскому архиерейскому дому («Акты исторические», том 5). Ни в одном документе XV–XVII вв. имена Константина и Космы не встречаются, монастырь именуется исключительно Николаевским и Косинским. Во вкладной записи (май 1687 г.) на Трефологионе из собрания Российской национальной библиотеки обитель именуется «святителя Николая, архиепископа Мир Ликийских, чюдотворца, и преподобнаго Варлаама, игумена Футынскаго, Новгородскаго чюдотворца, честныя их и святыя обители Косина монастыря из Старые Русы...». Согласно описи 1757 г., в монастыре был один монах, который в том же году выбыл, а на его место определён приходский священник. В 1764 г. монастырь был обращён в приход. В 1765 г. в результате сильного пожара сгорела деревянная церковь с трапезной, и сильно пострадал Никольский храм. В 1792 г. была построена новая каменная церковь во имя преподобного Варлаама Хутынского. В храме находилась икона Божьей Матери «Знамение» с изображением всех Новгородских святых, написанная мастером Афанасием Алексеевым в 1716 г. Упоминание о нахождении в монастыре мощей преподобного Константина содержит месяцеслов Новгородских святых 1816 г. (Российская национальная библиотека): «Преподобный Константин игумен, ученик Варлаама Хутынского, мощи под спудом. А от Старой Руссы три поприща в Косинском монастыре, приходскою церковию...». Протоиерей Гавриил Краснянский в Месяцеслове (1876 г.), ссылаясь на известный ему рукописный сборник сказаний о Новгородских святых из библиотеки Новгородской духовной семинарии, сообщил, что мощи прп. Космы «почивают под спудом в бывшей Косиной, или Косинской, обители под крытою папертью, соединяющею церковь св. Николая с колокольнею», а мощи преподобного Константина – под алтарём Никольской церкви; в тех же святцах указана дата преставления этого святого без указания года – 29 июля. В 1873 г. были проведены реставрационные работы в Никольской церкви, вместо деревянной гробницы над мощами святых поставили металлическую посеребренную раку. В 1880–1881 гг. построили более просторную церковь во имя Варлаама Хутынского, которую освятили 12 сентября 1882 г. Сбором средств на ремонт и реставрацию активно занимался Александр Андреевич Усинин (будущий архимандрит Арсений); все его печатные работы содержат призыв к жертвователям помочь в восстановлении монастыря. В 1885 г. в обители устроили женскую богадельню с домовой церковью в честь Успения Пресвятой Богородицы (освящена 22 сентября 1886 г.), а в 1896 г. был открыт женский общежительный монастырь (Государственный архив Новгородской области). Последней настоятельницей монастыря стала игуменья Серафима (Горшкова).