Во многих церквах и монастырях слышался его сильный и убедительный голос. Со свойственным ему миссионерским рвением он проповедовал повсюду: начиная от церкви итальянцев, расположенной в сегодняшней пристройке королевского дворца, и заканчивая церковью в Монсеррат, где сегодня находится знаменитый театр. Новый королевский исповедник достиг необыкновенного успеха в проповеди простому народу и духовных упражнениях для духовенства. Антоний Кларет не прекращал апостольской деятельности даже в то время, когда сопровождал королеву в её поездках по Испании. В начале июня 1858 г. королевский кортеж проехал по равнинам Ла-Манша, Аликанте, Альбасете и Валенсии. А затем по северо-западной части Испании: Леону, горнорудному бассейну Мьересу и Овьедо, Галисии, Балеаресу, Каталонии, Арагону и Андалусии. Поездки по югу страны не прошли бесследно; Антоний Кларет повсюду исполнял свой миссионерский долг, произносил в день по четырнадцать проповедей. Кордоба, Севилья, Кадис, Гренада, Малага, Картахена и Мурсия... И затем снова на север: Страна Басков, провинция Кастилия, Ла Вьеха и Эк-стремадура. Царствие Божие было проповедано, и народ отвечал на это с благодарностью. Изабелла II поручает Антонию Кларету привести в порядок пребывающий в плачевном состоянии вследствие действия закона о закрытии монастырей от 1835 г. королевский монастырь Эль Эскориаль. Архиепископ занимается этим нелёгким делом с 1859 по 1868 гг. Это был короткий срок, но достаточный для того, чтобы Антоний Кларет проявил свой организаторский талант. Были отремонтированы башни и флигели здания, а также огромная базилика, отреставрированы хоры и алтари, установлены два органа, приобретён научный материал для кабинета физики и химических лабораторий, построена новая библиотека; вновь зацвели сады, обновлённые большим количеством садовых и фруктовых деревьев. Это было похоже на чудо. С материальным восстановлением началось восстановление духовное. Антоний Кларет создал настоящий церковный университет с изучением гуманитарных наук, классических и современных языков, естественных наук, археологии, схоластики, в том числе философии и теологии, патристики, литургики, морального богословия и библеистики, халдейского, еврейского и арабского языков и т.д., организовал музыкальную группу. Бесценная помощь друга Антония Кларета с Кубы дона Дионисио Гонсалеса де Мендоса помогла ему сделать королевский монастырь одним из лучших духовных центров Испании. Благодаря усердию, Антоний Кларет вернул ему былое величие и сделал его восьмым чудом света. Бог одарил Антония Кларета необыкновенной способностью – читать знаки времени. «Печать, как показал мой собственный опыт, – это один из способов быть сильным для добра, – говорил он. – Но если ею злоупотреблять, то она может стать могущественным оружием зла». Только принимая во внимание его высокую работоспособность и силу, которую давал ему Бог, исследователи готовы понять факт появления такого количества книг и, вместе с тем, интенсивного выполнения апостольского призвания. Антоний Кларет был не только писателем. Он сам распространял книги и листовки.