Кроме того, он критиковал В.Ф. Кипарисова за чрезмерное увлечение идеей изменяемости церковной дисциплины, что привело к значительным натяжкам при объяснении практического значения древних правил. Тем не менее, общая оценка докторской диссертации В.Ф. Кипарисова, как «желательного и крупного научного приобретения», строго объективного, построенного на основательном и тщательном изучении обширного материала, была высокой. В.Ф. Кипарисов написал фундаментальный труд, посвящённый гомилетической деятельности митрополита Макария (Булгакова), а также несколько статей, опубликованных в «Прибавлениях в Творениям святых отцов» и «Прибавлении к Церковным ведомостям». В сочинении, посвящённом митрополиту Макарию (Булгакову), автор опирался не только на анализ проповедей, но и на материалы, характеризующие церковно-исторический контекст эпохи, письма преосвященного, в том числе и к нему, и воспоминания о нём. Положив в основу исследования историко-критический и сравнительный методы, В.Ф. Кипарисов тщательно изучил труды и других проповедников – современников Макария (Булгакова), прежде всего, Иннокентия (Борисова), переписывался с родственниками митрополита Макария (Булгакова). В качестве критерия правильности своих суждений В.Ф. Кипарисов использовал святоотеческое наследие, выбирая и те мысли, которые его предшественники оставляли без внимания (это достоинство работы особенно отмечал А.П. Лебедев). В статьях, посвящённых церковному проповедничеству, В.Ф. Кипарисов не выработал строгой теории, но ратовал за то, чтобы гомилетика всесторонне изучалась, чтобы проповедники были истинными толкователями слова Божия, не увлекались ораторской стороной своего дела. Его лекции по гомилетике и истории проповедничества не были опубликованы, их структуру исследователи восстанавливают лишь по ежегодным отчётам Московской духовной академии. В 1876–1883 гг. основу лекционного курса составляло изложение истории проповеди: в церкви Восточной в первые четыре века; в церкви католической в IX–XVI вв.; в протестантизме с начала Реформации до конца XVII в. параллельно с историей католической проповеди). В 1883/1884 – 1885/1886 учебных годах структура курса несколько изменилась: в первой части В.Ф. Кипарисов излагал подробную историю проповеди в патристический период, выводя на основании исторических данных главные положения гомилетической теории; во второй части иллюстрировал реализацию этих правил в творчестве ведущих представителей проповедничества на Западе и в России. Со временем В.Ф. Кипарисов всё больше обращал внимание, с одной стороны, на традицию восточной проповеди, считая её более важной для православного пастыря, с другой – на значение проповеди в реальной церковной жизни. Поэтому начиная с 1886/1887 учебного года и до конца учебной деятельности В.Ф. Кипарисов читал курс по следующему плану: сначала излагал подробную историю гомилетики – от древнейших времён до современности, затем останавливался на значении проповеди для катехизаторской и нравоучительной дисциплин, в заключение проводил обзор восточного (греческого) проповедничества – от Оригена до Иоанна Златоуста. Лекции по пастырскому богословию, прочитанные В.Ф. Кипарисовым в 1883/1884 и 1885/1886 учебных годах, состояли из трёх основных частей: в первой части он делал обзор пастырского богословия как науки на Западе и в России; во второй – выделял и разбирал главнейшие памятники святоотеческой литературы, относящиеся к учению о пастырстве; в третьей – излагал учение о пастыре «в его общественной деятельности и в его частной жизни», основанное преимущественно на святоотеческом наследии.