29 сентября 1897 г. В.Ф. Кипарисов получил степень доктора богословия за сочинение «О церковной дисциплине», а 19 ноября утверждён в степени Синодом по дополнительному отзыву епископа Тверского и Кашинского Димитрия (Самбикина). В декабре 1897 г. Совет академии избрал В.Ф. Кипарисова ординарным профессором; указом Синода от 27 января 1898 г. это избрание было утверждено. Докторское сочинение В.Ф. Кипарисова было удостоено Советом Московской духовной академии премии митрополита Макария в 500 руб. 12 июня 1898 г., согласно прошению, В.Ф. Кипарисов был уволен от преподавательской работы по состоянию здоровья. Скончался от прогрессирующего паралича мозга, не дожив двух месяцев до 50-летия. Отпевание В.Ф. Кипарисова проходило в Покровском храме Московской духовной академии, заупокойную литургию совершил ректор Московской духовной академии архимандрит Арсений (Стадницкий) в сослужении академического духовенства, к ним присоединились ректор Вифанской духовной семинарии архимандрит Трифон (Туркестанов) и инспектор архимандрит Евдоким (Мещерский). В.Ф. Кипарисов был похоронен на Всехсвятском (Кокуевском) кладбище Сергиевского посада. Оба главных труда В.Ф. Кипарисова (магистерская и докторская диссертации) относились к области церковного права, которым профессор занимался всю жизнь. Эти сочинения были актуальными для российской церкви второй половины XIX в. Работа, посвящённая свободе совести в первые девять веков христианства, имела по преимуществу исторический характер. В исследовании В.Ф. Кипарисов исходил из libertas religionis – права следовать своей религии, считая его одним из основных в истории христианства. Желая, прежде всего, понять, «что же такое в самом деле совесть сама в себе», В.Ф. Кипарисов обращался с этим вопросом к древним церковным писателям, западным философам XVIII в. и делал вывод о «чрезвычайном разнообразии» в «содержании совести» в её приложении к нравственной деятельности и тем более «в приложении к положительной религии». По его мнению, совесть, как самоопределяющееся и независимое начало, «не может подлежать никакой репрессии отовне», и «вопрос о свободе или несвободе совести относится не к совести по её существу» (в этом смысле её свободу защитил Сам Бог), а к совести «в её обнаружениях», когда «человек пытается удовлетворить тем требованиям, кои налагает на него его собственная совесть». В.Ф. Кипарисов различал свободу религии – право следовать своим убеждениям в выборе того или иного вероисповедания и свободу в религии – право личного богословского мнения по вопросам, не решённым Вселенской церковью. С его точки зрения, смешение этих понятий обусловило «затемнение» вопроса о свободе совести в литературе. В.Ф. Кипарисов отметил парадокс: с одной стороны, «Вселенская Церковь… не принуждает, не делает насилия» в вопросах веры, с другой – «принуждение в деле религии… практиковалось в христианских обществах». Разбирая огромное количество исторических примеров, В.Ф. Кипарисов пытается ответить на вопрос, как понимала древняя Вселенская церковь свободу совести в смысле свободы религии и как она относилась к совести «внешних». Он утверждал, что свобода совести по отношению к религии необходима ради «благоуспешности» самой религии.