Сочинение В.Ф. Кипарисова о свободе совести, несмотря на общую положительную оценку, было принято неоднозначно. На диспуте один из оппонентов, Алексей Петрович Лебедев, упрекал В.Ф. Кипарисова в односторонности понимания «свободы совести» и в отсутствии в исследовании точного определения самого понятия совести. Рецензент Василий Васильевич Болотов отметил, что исследование В.Ф. Кипарисова не имеет первостепенного значения для специалистов, изучающих детали темы: В.Ф. Кипарисов нередко указывал факты не по первоисточникам, а по чужим исследованиям, цитировал древних авторов по русским переводам. Рецензент считал работу В.Ф. Кипарисова полезной для образованного круга читателей и специалистов, которые «интересуются историей отношений к иноверцам в целом, а не её деталями». Докторская диссертация В.Ф. Кипарисова была отчасти продолжением магистерской. Об этом свидетельствовала первая же глава («Учение веры и дисциплины в их взаимоотношениях»); он пытался решить вопрос, является ли разграничение веры и дисциплины только требованием богословской науки или же требованием самой церковной жизни. В.Ф. Кипарисов видел существо церковной дисциплины в порядке церковной жизни, как в общественной деятельности властных и служащих лиц, так и в частной деятельности и отношениях всех членов церкви, а цель – либо в благообразии или благоустройстве, либо в пользе церкви (salus ecclesiae) как целого и её отдельных членов в частности. В этом коренится и непременное свойство дисциплины – «изменяемость, обусловленная изменяемостью условий». Суть своего исследования В.Ф. Кипарисов связывал с вопросом: может ли изменяемость церковной дисциплины быть безграничной, или ей следует поставить какой-то предел? Отказываясь от двух крайних теорий – абсолютной обязательности древних канонов (Смоленский  епископ Иоанн (Соколов)) или только условной силы канонов в известных пределах места и времени (профессор Иван Васильевич Чельцов), – В.Ф. Кипарисов отстаивал право церкви усовершенствовать и изменять по требованию обстоятельств церковную дисциплину. Он сформулировал «теорию изменения дисциплины», которая, как он надеялся, «не будет противоцерковной теорией». По его мнению, все «условные элементы», т.е. местные и временные, подлежали изменениям в истории церкви, а следовательно, могут быть и теперь изменяемы. Рецензенты высказали ряд критических замечаний по этому исследованию. Профессор Николая Александрович Заозёрский и Димитрий (Самбикин) считали не совсем корректными анализ второго правила Трулльского собора и базирующуюся на нём теорию о законченности канона и неизменяемости церковной дисциплины. Анатолий Алексеевич Спасский отметил, что подчёркнутое разделение областей веры и дисциплины иногда затмевает их взаимосвязь. Канонист Илья Степанович Бердников назвал ценной вторую часть монографии, в которой изучались средства к поддержанию порядка в церковном обществе, в том числе главное из них – отлучение. Однако относительно первой части монографии, посвящённой отличительному характеру церковной дисциплины сравнительно с областью вероучения, И.С. Бердников считал, что автору не удалось выяснить, какие же стороны жизни и порядки входят в область церковной дисциплины.