В 1931 г. в Париже под псевдонимом Николай Казан Н. Казандакис издал на французском языке роман «Тода раба», использовав в сюжете свои впечатления о поездках в Советскую Россию. Герои этого произведения, по направлению близкого к футуризму, путешествуют по разным «закоулкам» социалистического нового мира, посещают некий «Восточный съезд» в Астрахани, праздник годовщины революции в Москве и другие общественные мероприятия. В 1941 г. Н. Казандакис начал работу над романом «Жизнь и приключения Алексиса Зорбаса» (1946 г.). Роман построен отчасти на воспоминаниях о поездке Н. Казандакиса на угольные шахты на Пелопоннесе с предпринимателем Йоргисом Зорбасом в 1917 г. Он повествует о молодом писателе и 65-летнем Й. Зорбасе, с которым тот отправляется на Крит, собираясь разбогатеть на продаже добытого из арендованной шахты бурого угля. В образе Й. Зорбаса Н. Казандакис воплотил свои представления о современном святом, выходце из народа, наделённом глубокой мудростью, лишённом предрассудков и преисполненном любви к человеку. С 1948 г. Н. Казандакис работал над романом «Христа распинают вновь» (1954 г.). Его действие происходит в 1921 г. в деревне Ликовриси в Малой Азии. Во время подготовки к традиционной пасхальной мистерии (театрализованному представлению евангельских событий) с Манольосом, который играет роль Христа, происходит внутреннее перерождение и, помогая беженцам из Малой Азии, он вступает в трагическое противостояние с жителями деревни. В романе Н. Казандакис рассматривает Страсти Христовы не как залог отпущения грехов, а как трагически повторяющиеся человеческие страдания. Гражданская война в Греции в конце 1940 гг. стала основной темой романа «Братоубийцы» (1963 г.), написанного в 1949 г. В декабре того же года Н. Казандакис приступил к работе над романом «Капитан Михалис» (1953 г.) о национально-освободительном движении на Крите, отец Н. Казандакиса стал прототипом главного героя – человека, обладающего редкой силой духа, посвятившего себя борьбе за свободу. В 1951 г. Н. Казандакис работал над романом «Последнее искушение» (опубликован в 1955 г.), который представляет собой вольную фантазию по мотивам Нового Завета и апокрифов. Христа Н. Казандакис изобразил как перенёсшего страдания человека, подверженного страстям, он – бунтарь и защитник угнетённых. В 1952 г. Н. Казандакис изучал жизнь католического святого Франциска Ассизского и посвятил ему роман «Божий нищий» (1956 г.). Для Н. Казандакиса святой Франциск стал примером человека, который в «непрерывной тяжелейшей борьбе исполняет высший человеческий долг, тот, что выше морали, истины и красоты, преображая материю, вверенную ему Богом, в дух». Последним произведением Н. Казандакиса стал роман «Отчёт перед Греко» (1961 г.), написанный в 1955–1957 гг. Замысел книги, имеющей черты автобиографической исповеди, возник в конце 1920 гг.; художник Эль Греко вдохновлял Н. Казандакиса не только потому, что был критянином, но и потому, что Н. Казандакис усматривал между собой и Эль Греко особое глубокое родство.