В 1957 г. совершил поездку в Китай. В 1954 г., ещё до публикации греческого оригинала романа «Последнее искушение» (норвежский, шведский и немецкий перевод были изданы в 1951–1952 гг.), за ряд предыдущих произведений Священный Синод Элладской православной церкви потребовал от светских властей Греции запрета книг Н. Казандакиса. Причиной осуждения произведений Н. Казандакиса стали не только его вольные интерпретации христианского вероучения, но и контакты автора с представителями левого движения в Греции и Европе, что в то время неразрывно связывалось с атеизмом. В заявлении Священного Синода указывалось, что роман «Капитан Михалис» высмеивает церковь, отрицает учение о Святой Троице; роман «Христа распинают вновь» бесчестит исторические истины Евангелия, является переложением его в соответствии с социалистическими и коммунистическими теориями и искажает церковное учение; роман «Последнее искушение» опасен для каждого христианина тем, что извращает учение о Богочеловечестве Христа и христианскую мораль. Но среди церковных иерархов не было единого мнения: Константинопольский патриарх Афинагор I выступал против осуждения Н. Казандакиса. В 1954 г. «Последнее искушение» было внесено в «Индекс запрещённых книг» Римско-католической церкви. Несмотря на резко отрицательное отношение большинства греческой церковной общественности к творчеству Н. Казандакиса, официального запрета его книг или отлучения Н. Казандакиса Элладской и Константинопольской церквами не последовало. С церковной критикой Н. Казандакис не соглашался и вёл полемику в печати и в открытых письмах. В 1954 г. у Н. Казандакиса была обнаружена лейкемия, его здоровье ухудшалось, и через три года он скончался. Архиепископ Афинский Феоклит II отказал в проведении церемонии прощания с Н. Казандакисом в Афинах. Однако в кафедральном соборе Ираклиона церемония была проведена по решению Критского митрополита Евгения, что вызвало недовольство некоторых представителей церкви. В погребении на православном кладбище Н. Казандакису было также отказано; он был похоронен в Ираклионе у бастиона Мартиненго. Музей Н. Казандакиса находится в деревне Миртья на Крите, в доме его отца. Последующая судьба произведений Н. Казандакиса во многом связана с попытками экранизации его романов: «Христа распинают вновь» («Тот, кому предстоит умереть» Жюля Дассена; 1955 г.), «Грек Зорба» (Михалиса Какоянниса; 1964 г.). Фильмы неизменно приводили к вульгаризации восприятия изначально сложных и спорных идей Н. Казандакиса в современной массовой культуре и к росту негативного отношения к нему в церковной среде разных стран. Фильм «Последнее искушение Христа», снятый режиссером Мартином Скорсезе (1988 г.), был запрещён к показу во многих штатах США, Канады и в ряде католических стран. В ноябре 1997 г. в связи с демонстрацией фильма по российскому телевидению с его осуждением выступил Московский патриарх Алексий II, назвав его показ нарушением норм российского законодательства и общественной нравственности.