11 апреля 1945 г. руководство УГКЦ (митрополит Иосиф Слипый и другие епископы) было арестовано НКГБ. Г.Ф. Костельнику было предложено возглавить движение за объединение с православной церковью. Главными причинами того, что он согласился на предложение властей, были искренняя убеждённость в благе возвращения в православие и беспокойство за судьбы церкви и своей паствы. К этому времени Г.Ф. Костельник переосмыслил своё отношение к националистическому движению, чему способствовали тяжёлые последствия для населения Западной Украины вооружённой борьбы националистов, а также семейная трагедия Г.Ф. Костельника: его сыновья Ириней и Зенон после разгрома дивизии СС «Галичина» оказались в лагере для интернированных в Италии, а затем переехали в Англию; туда же эмигрировала и его дочь Кристина. В апреле 1945 г. Г.Ф. Костельник написал: «Я был униатом и утратил достоинство пастыря, я был националистом и потерял достоинство человека, но этого мало. Национализм осиротил меня и мою жену. Мы стали несчастными родителями... В нашем крае нет семьи, которая бы не оплакивала какую-нибудь жертву национализма. Мы говорим национализму – довольно крови! Мы говорим унии – довольно позора!». 28 мая того же года Г.Ф. Костельник вместе со священниками Михаилом Мельником и Антонием Пельвецким (впоследствии архиереи РПЦ) известил Совнарком Украинской ССР об образовании под их руководством Инициативной группы по воссоединению греко-католической церкви с православной церковью. В тот же день была выпущена декларация «К греко-католическому духовенству западных областей Украины» с призывом о воссоединении с православной церковью. Г.Ф. Костельник стал председателем Инициативной группы и вдохновителем движения за воссоединение униатов с православием. 18 июня Инициативная группа получила признание со стороны государственных властей как единственный официально действующий временный орган управления УГКЦ. В конце июля 1945 г. о присоединении к Инициативной группе объявили 340 униатских священников. Власти не были довольны медленным, на их взгляд, ходом воссоединения. На греко-католиков оказывалось административное давление с целью побудить к переходу в православие. Наиболее непримиримые противники православия среди униатов подвергались репрессиям (нередко аресты были связаны с сотрудничеством с оккупационными властями во время войны и с поддержкой вооружённого националистического подполья). Г.Ф. Костельник протестовал против вмешательства органов безопасности в дело воссоединения, открыто заявил начальнику опергруппы НКГБ УССР Сергею Тарасовичу Карину (Даниленко): «Получается, господин министр, что воссоединением греко-католической церкви с православной занимается НКВД, и это ставит меня под удар…, выходит так, что и меня НКВД заставил заниматься организацией воссоединения греко-католической церкви с православной, а я, между прочим, борюсь за это уже 20 лет». Распространённые в униатской литературе обвинения в сотрудничестве Г.Ф. Костельника с советскими органами безопасности исследователи считают совершенно безосновательными. В 2008 г., после проведения тщательного исследования архивных материалов, было установлено, что «Государственный Архив СБУ не содержит ни одного документа ни об оперативно-агентурном сотрудничестве протопресвитера Гавриила Костельника, ни даже о каком-либо одноразовом выполнении им поручений спецслужб». Власти обвиняли Г.Ф. Костельника в «недостаточной оперативности», «попытках затянуть воссоединение».