В новом монастыре Корнилий всё время молчал, монахи считали его немым от рождения. При этом он не оставлял монашеского послушания: выполнял обязанности «параекклисиарха» (кадиловозжигателя, пономаря), трудился в пекарне и поварне, возделывал сад и огород, выращивая обильные урожаи удивительных по размеру и вкусу плодов и овощей. Пищей святого были «гнилой хлеб и затхлая вода», которые он вкушал три раза в неделю, а в посты – только единожды. В Житии рассказывается, что бесы под видом посланников родителей угрозами и уговорами пытались удалить святого из монастыря. Неоднократно Корнилию приходилось терпеть обиды от строителя и братии. Особенно в издевательствах над святым усердствовал некий монах, «велми бесомъ распаленъ». В жестокий мороз он выгнал Корнилия в одной свитке и босого за ворота обители и оставил на всю ночь. По молитве святого изменилась погода, так что за ночь растаял весь снег на крышах монашеских келий. Жестокосердного монаха вскоре постигла болезнь, которая, однако, не вразумила его. Однажды во время работы на огороде он хотел ударить преподобного лопатой, но неведомая сила отбросила инструмент далеко прочь. В наказание братии за насмешки над святым на монастырский сад и огород напало множество саранчи и гусениц, уничтоживших весь урожай. Перед смертью святой сильно страдал от болезни головы, зубов и глаз. Когда же боли прекратились, он понял, что через три дня умрёт. Тогда он заговорил с братией, всех простил, благословил и принял схиму. Монаху, досаждавшему ему многие годы, Корнилий завещал свою одежду, рясу и «козичину» (козью шкуру). По просьбе братии святой помолился об урожае, чтобы «прузем и гусеницам ктому бы не бывати». В день преставления Корнилий отстоял литургию и после чтения отходной мирно скончался в своей келье. Согласно второй редакции, Конон в отроческом возрасте ушёл от родителей и сразу направился в Лукианову пустынь. Потом самовольно покинул обитель и пришёл в Борисоглебский монастырь, в котором тогда подвизались три монаха под настоятельством иеромонаха Сергия. Игумен долго не принимал Конона, т.к. считал его слишком молодым: отроку на вид было не больше 15 лет. Он ночевал у монастырских ворот, пока настоятель не сжалился над ним. В трудах, послушании и строгом посте, питаясь остатками монастырской трапезы только три раза в неделю, Конон провёл в обители около пяти лет, потом был пострижен в монахи своим новым духовником иеромонахом переславского Никольского монастыря Варлаамом. Через четыре года после пострига по благословению игумена обители Корнилий удалился в затвор, для чего ему устроили маленькую деревянную келью. Здесь он пребывал «неисходно». Однажды ночью он был жестоко избит и выброшен через верхнее окно кельи во двор. Утром его нашли монахи, отнесли в другую келью, где больной пролежал три месяца; всё это время святой ничего не ел, только пил воду и сок. После выздоровления Корнилия игумен запретил ему возвращаться в затвор. Незадолго до преставления святой обрёл дар прозорливости. Но свои пророчества он не произносил, а как бы писал в воздухе рукой, поэтому монахи не поняли его предсказаний о близкой кончине. В Никольском монастыре Корнилий исповедался духовнику, впервые рассказав историю своей жизни, и причастился. Вернувшись в Борисоглебский монастырь, он принял схиму и соборовался. Корнилий был погребён в деревянной часовне рядом с основателем обители схимонахом Адрианом.