В 1928 г. у общины были конфискованы дом церковнослужителей, земля; богослужения дозволялось совершать только в Казанском храме. После окончательной ликвидации общины в 1930 гг. архимандрит Амвросий (Астахов) служил в храмах сёл Ховрина и Аксиньина, принял мученическую кончину на Бутовском полигоне. 4 мая 1929 г. собрание рабочих местных фабрик и жителей села Головина постановило ходатайствовать перед центральными властями о закрытии Казанского храма. 21 июня того же года священник В.А. Лихарёв был вызван в ОГПУ в Москву и арестован. Постановлением особого совещания Коллегии ОГПУ от 16 августа 1929 г. ему в течение трёх лет было запрещено проживать в Москве и Московской области, и он поселился в Туле. В июле 1932 г. священник В.А. Лихарёв вернулся в Головино, поселился в домике с несколькими престарелыми монахинями, служил в соседней Знаменской церкви села Аксиньина, 15 ноября 1937 г. был арестован по обвинению в антисоветской агитации и вскоре расстрелян. С конца 1920 гг. изгнанные из общины сёстры селились в ближайших сёлах или в Москве, многие подвергались гонениям. Среди пострадавших насельниц Головинского монастыря Казанской иконы Божьей Матери – послушница Марфа Иванова (см.: Михаила (Иванова)), которая в 1920 гг. проживала в селе Головине и работала посудомойкой в санатории, затем жила в Москве и Подмосковье, приняла постриг, окормлялась у архимандрита Амвросия (Астахова), 26–27 августа 1937 г. была арестована и 11 октября того же года расстреляна на Бутовском полигоне. Послушница Татиана (Грибкова) к 1930 г. поселилась в родном селе Щукине близ Москвы, зарабатывала на жизнь стеганием одеял. 9 августа 1937 г. была арестована, заключена в Новинскую тюрьму в Москве, 10 сентября тройкой при УНКВД по Московской области обвинена в «антисоветской агитации, клевете на вождей партии и правительства», 14 сентября того же года расстреляна на Бутовском полигоне. Монахиня Анастасия (Зубкова Анастасия Ильинична; 1882–1938 гг.) также была расстреляна на Бутовском полигоне. Послушница Александра Ивановна Тюрина с 1925 г. проживала в Москве, работала швеёй, 28 декабря 1930 г. была арестована, обвинена в «антисоветской агитации», приговорена к трём годам ссылки в Северный край. Послушница З.Л. Лыса переехала в Киев, в 1932–1933 гг. была репрессирована. Чтимую Казанскую икону Божьей Матери монахини сохранили и перенесли в Знаменскую церковь села Аксиньина. При этом храме, который не закрывался в советское время, проживали насельницы и священнослужители монастыря. После 1930 г. здания Головинского монастыря Казанской иконы Божьей Матери были переданы рабочим ткацкой фабрики имени Петра Алексеева, Спасская церковь переоборудована под общежитие, Троицкий собор перестроен в четырёхэтажный жилой дом. В 1970 гг. все храмы и корпуса были снесены, монастырскую территорию застроили многоквартирными домами. К 1970 г. были уничтожены и остатки монастырского кладбища, где находились могилы академика живописи Кирилла Викентьевича Лемоха, его жены и внука, а также клириков и жертвователей монастыря. На месте кладбища выстроены пят- и семиэтажные жилые дома и психиатрический диспансер Головинского района. Рядом было основано новое Головинское кладбище. Колокольня Головинского монастыря Казанской иконы Божьей Матери, в 1992 г. приписанная к приходу Знаменского храма в Аксиньине, охраняется государством как памятник архитектуры. В колокольне обустроена часовня в честь Казанской иконы Божьей Матери, освящённая в августе 1997 г. викарием Московской епархии Истринским архиепископом Арсением (Епифановым) в сослужении благочинного Всехсвятского церковного округа протоиерея Стефана Михайловича Пристая и настоятеля Знаменского храма в Аксиньине протоиерея Ивана Алексеевича Мазова (ум. в 2011 г.). По субботам священники Аксиньинского храма совершают в часовне водосвятные молебны с акафистом и панихиды.