Собор предал анафеме монофелитство, трёх Константинопольских патриархов, участвовавших в насаждении ереси (Сергия, Пирра и Павла), а также патриарха Кира Александрийского. Своей энцикликой папа Мартин назначил епископа Иоанна Филадельфийского своим викарием на территориях Антиохийского и Иерусалимского патриархатов, наделив его правами низлагать епископов-монофелитов. Решения Латеранского собора означали объявление войны Константинополю. Констант II Погонат немедленно отдал приказ равеннскому экзарху Олимпию двинуть войска на Рим, низложить папу и добиться от прочих епископов подписания «Типоса». Олимпий прибыл в Рим, но там объявил, что не подчиняется Константу II Погонату, и заключил соглашение с папой Мартином. Морское нападение арабов на Сицилию вскоре вынудило Олимпия перенести свою ставку туда. У Константа II Погоната не было возможностей для подавления этого неожиданного мятежа, но в 652 г. Олимпий умер от чумы, после чего власть Константинополя в Равеннском экзархате была восстановлена. Экзархом был вновь назначен Феодор Каллиопа, уже занимавший этот пост в начале 640 гг. Он с войском вступил в Рим в июне 653 г. Папа Мартин был арестован и отправлен в ссылку на остров Наксос, где провёл год. В декабре 654 г. в здании синклита в Константинополе состоялся суд над папой, которого обвинили в измене и соучастии в мятеже Олимпия. Этим показательным процессом Констант II Погонат демонстрировал своим подданным в разных регионах Средиземноморья, что за правительством Византии по-прежнему сохранялось достаточное могущество, и оно способно справиться с внутренними врагами даже в отдалённых областях империи. Исследователи считают, что суд был актом личной мести Константа II Погоната не подчинившемуся понтифику. В пользу этой версии говорит то, что Константинопольский патриарх Павел в это время находился при смерти (ум. 27 декабря 654 г.) и не участвовал в разбирательстве. Кроме того, папе были выдвинуты только политические обвинения; религиозные вопросы не рассматривались. После суда папу вывели перед народом на площадь Августеон, объявили виновным, поставили на помост для казни, сняли с него как с преступника саккос и обувь (знаки его сана) и передали префекту города Григорию. Папа был сослан в Херсонес Таврический (Крым), где скончался 16 сентября 655 г. За судом над папой последовал суд над Максимом Исповедником, который в начале 655 г. был арестован в Риме и препровождён в Константинополь. Преподобный Максим и два его ученика были обвинены в оригенизме, но главную роль в этом процессе также играл политический мотив. Максиму приписали содействие арабам в завоевании Египта в 633 г., а также подстрекательство к мятежу экзарха Африки Григория в 646 г. т.е., как и папу Мартина, его обвиняли в государственной измене. Летом 655 г. преподобный Максим отказался вступить в общение с Константинопольским патриархом Петром, но не сумел оправдаться по политическим делам и был отправлен в ссылку в Визию (Фракия; ныне Визе, Северо-Западная Турция). Расправа над преподобным Мартином и его сторонниками не завершила борьбу между партиями православных и монофелитов.