Исследователям неизвестно, сколько времени продолжалось соправительство, однако столь быстрое возвышение Валентина Аршакуни вызвало возмущение в Константинополе; против него выступил патриарх Павел. Население города во главе с патриархом, собравшись в храме Святой Софии, потребовало низложить узурпатора, но военный отряд некоего Антонина окружил их и уже был готов расправиться с недовольными. Патриарх Павел пытался остановить кровопролитие, указав Антонину на недопустимость осквернения святого места, но тот в ответ ударил его по лицу. Произошло массовое побоище, в котором горожане неожиданно оказались сильнее военных. Антонин был убит на месте, а восставшая толпа ворвалась во дворец, схватила Валентина Аршакуни и убила его (трупы сожгли на площади перед храмом). Несмотря на эти события, брак Константа II Погоната с Фавстой не распался, в семье родились три сына: Константин IV (около 652 г.; император в 668–685 гг.), Ираклий и Тиверий (близнецы, родились около 659 г.). Все дети Константа II Погоната короновались как его соправители в младенческом возрасте. На протяжении правления Констант II Погонат был занят малоуспешной борьбой с вторжениями на территории империи арабов с востока, славян на Балканах и лангобардов в Италии. Наибольшую опасность представляли арабы-мусульмане на Ближнем Востоке и в Северной Африке. В 643 г. правительство Константа II Погоната в очередной раз попыталось переломить ситуацию на восточной границе. Был организован большой поход двух армий, которые возглавили Валентин Аршакуни (в Сирии) и Давид Уртайя (в Северной Месопотамии). Войска глубоко вторглись в подконтрольные арабам земли. Давид Уртайя дошёл до Эдессы, но в сражении близ этого города его войско было почти полностью уничтожено. Источники упоминают, что армия Валентина Аршакуни была также разбита и бежала. Тем не менее, в арабских хрониках говорится, что после этой кампании мусульмане вновь вернули под свой контроль Антиохию. Исследователи предполагают, что действия Валентина Аршакуни были довольно успешными, по крайней мере, временно, и византийцам даже удалось освободить Антиохию. В этой связи претензии Валентина Ашакуни на императорскую власть и попытка переворота в 644 г. выглядят куда более обоснованными. В 645 г. византийцы предприняли последнюю попытку отвоевать Александрию и Египет. Снаряжённый Константом II Погонатом флот состоял из 300 судов и господствовал на море, десант под командой армянина Мануила, высадившись на египетское побережье, захватил Александрию. Однако Мануил не спешил продвигаться вглубь страны, рассчитывая, как полагают исследователи, на укрепления Александрии и возможную поддержку из Константинополя. Это позволило арабам собрать силы, которые возглавил срочно присланный халифом Усманом из Медины Амр ибн аль-Ас. Летом 646 г. под Никиу византийцы потерпели поражение и отступили. Арабы осадили Александрию и вскоре ворвались в город с помощью своих сторонников. Гарнизон Александрии и значительная часть населения были перебиты, восточные кварталы города сгорели, Мануил бежал в Константинополь. Амр приказал срыть стены Александрии, чтобы впредь она не могла служить укреплением для византийцев. Около 648 г. Мануил вследствие придворных интриг был обвинён в заговоре против Константа II Погоната и казнён.