Общины создавались при согласии людей объединиться и только тогда, когда народ изъявит своё желание. Конгрегация всегда имеет конкретное местонахождение, и в неё входят заключившие соглашение люди из данного района. Все конгрегации равны между собой и полностью самостоятельны. Они поддерживают взаимную связь с помощью синодов (или ассоциаций), образуемых из старейшин и других представителей верующих местных церквей. Цель синодов – установление дружественных и справедливых отношений между конгрегациями, сглаживание различий в вере и обрядности. Конгрегационалисты ежегодно созывают ассамблею, куда каждая местная церковь посылает своих представителей. Ассамблея избирает председателя на один год, причём он может быть как священником, так и мирянином. Церковные общины конгрегационализма объединены на региональном, государственном и международном уровнях, все эти объединения имеют добровольный характер. С начала XX в. самостоятельность местных конгрегациональных церквей стала уменьшаться, и в этом отношении они приблизились (особенно в США) к пресвитерианским церквам. С 1919 г. в конгрегациональных церквах появилась должность модераторов, на них возложен духовный надзор над церквами, но они не имеют права руководить местными церквами, однако правомочны давать советы её членам. Сближению конгрегационалистов способствовало создание в 1948 г. Международного конгрегационального совета, хотя встречи конгрегационалистов из разных стран с целью установления контактов начались с 1891 г. В 1970 г. Международный конгрегациональный совет влился в состав Всемирного альянса реформатских церквей (пресвитериан и конгрегационалистов). Придерживаясь принципов экуменизма, конгрегационалисты охотно идут на слияние с другими протестантами, прежде всего, с пресвитерианами, реформатами и методистами, создавая с ними в некоторых странах объединённые церкви (например, Объединённая церковь Канады, Объединяющаяся церковь в Австралии, Объединённая церковь Христа в США и др.). Конгрегационалисты Европы установили тесные связи с родственными протестантскими религиозными организациями: церквами миссионерского согласия в скандинавских странах (их иногда считают даже конгрегационалистскими), Объединённой протестантской церковью Пфальца (реформатско-лютеранской), Голландской ремонстрантской церковью (небольшой церковной организацией, придерживающейся арминианства). Общая численность последователей конгрегационализма – около 3 млн. человек. Самое большое количество конгрегационалистов – в США (свыше 0,6 млн. человек вместе со сторонниками близких к ним церквей).