Особую известность приобрели исцеления от иконы крестьянки О. Акатовой в 1884 г. и жены потомственного почётного гражданина А.Г. Митиной в 1896 и 1901 гг. Часовню посещали император Александр II, Фёдор Мхайлович Достоевский, Николай Семёнович Лесков, а впоследствии и св. Иоанн Кронштадтский. При игумене Израиле (Андрееве) значительно увеличилась библиотека, устроенная в 1814 г. игуменом Иларионом в центральной надвратной башне. В 1863 г. в ней хранились 80 рукописных книг, 46 печатных книг Священного Писания, 150 творений св. отцов, 336 книг духовного содержания, 106 исторических, 296 богослужебных, 157 хозяйственных, медицинских и философских книг. В библиотеке также были рукописные Евангелие книжника Закхея (1523–1524 гг.), «Житие и подвиги, отчасти сказания чудес преподобного Арсения Коневского, писано игуменом Варлаамом, тоя же обители Коневския», «Соборное деяние на еретика армянина, на мниха Мартина, бывшее в 1157 г.», собрание толкований св. отцов о церковном чиноначалии, о чине монашествующих, о молитве; собрание Слов Василия Великого, послание преподобного Иоанна Раифского преподобному Иоанну Лествичнику; книга «Слов постнических» преподобного Исаака Сирина, «Катехизические слова к монашествующим» преподобного Симеона Нового Богослова, сочинение «Царский путь Креста Господня, вводящий в жизнь вечную» Иоанна (Максимовича); сочинение «О небесной иерархии» священномученика Дионисия Ареопагита, послания преподобного Паисия (Величковского) к иерею Димитрию, «Келейный летописец» Димитрия (Савича (Туптало)) – вклад валаамского строителя Иосифа (Шарова); сочинения «Сенека христианский», «Панегирикос, или Слово похвальное о преславной над войсками свейскими победе, бывшей в 1709 г.» архиепископа Феофана (Прокоповича), «Устав Коневским уединенным пустынножителям», утверждённый митрополитом Михаилом (Десницким); старопечатные книги 1636–1764 гг., в том числе Общая минея 1654 г. из Деревяницкого монастыря, «старая» Скрижаль (1656 г.), «Меч духовный» архиепископа Лазаря (Барановича; 1666 г.), Служебник (1676 г.), «Патерик, или Отечник Печерский» (1678 г.), рифмованная Псалтирь (М., 1680 г.) и «Жезл правления» (1753 г.) иеромонаха Симеона (Полоцкого), Служебник 1676 г., «Шестоднев» (1678 г.), Маргарит (1764 г.), а также собрание Слов из «Пролога», переписанное принцессой Екатериной Антоновной, дочерью правительницы Анны Леопольдовны. При игумене Израиле (Андрееве) был отлит самый большой из десяти колоколов звонницы, весом 10545 кг (не сохранился), развивалось монастырское хозяйство: близ Святой горы был разбит фруктовый сад, на малоплодородных землях выращивали овощи, обрабатывали обширные пахотные участки (выращивали рожь, овес, ячмень), заготавливали сено. Образцово поставлены были коневодство и скотоводство. Н.С. Лесков обратил внимание на то, что в Коневском монастыре коровы были комолые (безрогие). У монастыря был свой небольшой флот: ловили сига, лосося, сёмгу, палью, хариусов. Над могилой игумена Израиля (у алтаря собора) был установлен металлический, а потом гранитный памятник (сохранился цоколь). В 1884–1894 гг. настоятелем был валаамский постриженик архимандрит Пимен (Гаврилов), церковный писатель и историк; число насельников увеличилось до 200 человек, порядки стали более строгими, что вызывало сопротивление части братии.